最近几年，在NGO的公益行动之外，一些商业银行也在小额信贷业务上进行了尝试，积极者如农行、渣打。尽管初步效果是积极的，但在实践中，小额信贷的商业化软肋也逐渐暴露出来。
小额信贷的信用方式与传统的抵押贷款有很大不同。在很多情况下，小额信贷考察的是贷款者的个人或者社区信用，而非商业信用，因此，贷款的风险难以根据传统的方式进行量化评估。银行在进行评估时，通常要派专门的人员进行实地调查。由于每个客户贷款的数量少，贷款的人数却非常多，这就意味着那些旨在将小额贷款商业化的银行，在人力成本上的投入会很大。
但在中国，由于长期以来金融资源的供不应求，多数银行都建立在以大客户为主的客户结构上。目前，国内主要商业银行前10名大客户在整体业务中所占的比重，平均超过40%。偏重大客户的结构易于实现风险控制，但使银行的能力建设偏重于流程设计上，缺乏服务于中小客户所必须的基层人员数量。
克里斯坦森的创新理论认为，一种商业模式下形成的资源、流程和价值观，将趋向于反对改变当前的商业模式。换句话说，如果银行习惯了跑一趟给大企业发放10亿元的贷款，那么，对于跑1万家小客户、每人发放1万元贷款这种生意，它从内心一定是不愿意接受的。事实上，即便对于那些开展小额贷款业务的NGO来说，找到足够的深入基层的志愿者也是一项艰巨的工作，对于以利润为导向的银行来说，挑战则更加艰巨。
从2007年开始，在中央政策倾斜和农村消费增长的双重推动下，不少商业银行开始尝试对经济不发达地区的小额信贷业务。但要在这项业务上有所作为，殊不容易。不少银行已经建立了股份制企业并上市，股东对其有比照于其他商业银行利润的期望值。如果选择在小额信贷上下注，那么它必须有能力消化比其他业务更高的人力成本，否则，银行可能会丧失在资本市场上的吸引力。
通常情况下，小额信贷采用更高的利率，是保持成本平衡的方式。最早在中国进行小额信贷试验的经济学家茅于轼指出，小额贷款之所以高息是因为额度小，风险大，占用人力多，高成本。世界银行小额贷款的均衡利息率为15%-20%，世界各国多年的小额贷款经验已经证明了“高利贷合法化”，他在山西龙水头村试点的小额贷款公司的贷款利息是18%。
不过，至少在目前的阶段，在中国推动高利率的小额贷款并不是一帆风顺。茅于轼表示，现在社会上存在一个极大的误解，即认为小额贷款利息越低，对穷人越好。他表示，对于那些坚信“小额贷款要走商业化道路，而不是做成慈善事业”的人来说，这是一个观念的挑战。
与观念挑战同时存在的，是不同的风险控制方式。对于那些已经下定决心把小额贷款变成一项商业的银行来说，这是一个现实的挑战。在建立规模化的小额贷款之前，没有一家银行可以确保实现有效的风险控制，以及能否达到预想的收益率。过于严格的风险控制，有可能限制客户的加入，阻碍业务的成长。过于松散的风险控制，则有可能产生不良贷款。
农行在实践中曾创立了一套与格莱珉银行相仿的“五”字调查法：一看就是实地查看客户的基本情况；二摸就是全方位地摸清客户的生产经营现状；三查就是查客户周边人群与客户往来关系人员，查客户有无不良嗜好和不良习性；四访就是通过走访村干部、了解客户所从事的行业经验与技术情况；五网就是调查客户的关系网和经济实力是否真实。经过这些对个人的信用了解，农户在缺乏抵押或抵押不足的情况下，仍有可能拿到贷款。
这是带有中国特色的信用保证方式，并在实践中取得了不错的效果。在一个镇级银行的小额贷款试点中，这种风险控制方式带来了100%的到期贷款和利息收回率。
尽管如此，至今仍没有一家商业银行可以在全国范围内普遍开展小额贷款业务。受助者群体在接受这项资金扶持的同时，更多的抱怨是拿不到贷款。这并非银行没有足够的信贷额度，而是因为它们可能没有足够的人手和网络。此外，这与一些银行地方分支机构的官僚习惯有关，它们对于总部推行的新业务，或许并没有足够的热情。
尤其是对于那些国有股份制银行来说，传统的绩效考核方式会让地方分支机构的领导者，倾向于选择那些风险更容易控制、成本更低的大客户。它们的选择无可厚非，因为总部也许不会因为小额贷款推行不力而处罚它们，但一定会因为贷款业绩下降而让它们承担责任。这说明，如果在管理上没有特别的激励方式，小额信贷很难实现真正的推动力。
此外，小额贷款作为公益和商业之间的共同存在，本身在发展模式上仍有值得探索之处。
目前，所有国内银行在小额信贷上的尝试，主要参照的是尤努斯和格莱珉银行的成功经验，尽管这些经验为小额信贷的商业化指明了方向，但它在中国所处环境有所不同。首先，小额信贷在中国农村的信用基础与国外有很大不同。其次，中国三农问题的解决主要靠政府推动，重要的资源掌握在政府和国有商业银行手中，但国有企业与社会责任对应的激励机制设计并不成熟，它们承担社会责任的能力，甚至在一定程度上落后于承担社会责任的意愿。
还有，商业中趋利的一面，总是趋向于将产业做大，因为这将带来股东回报的增加。但小额贷款具有公益的性质，它未必要做大，而是要将可持续性作为第一目的。这决定了只有那些在DNA中融入了社会责任的企业，才能将小额贷款变成一种商业模式并取得成功。把小额贷款当作一把找到更大宝藏的钥匙，本身就是一种错位的想法。
