方舟子和崔永元的骂战由来已久。11日，方舟子发微博质疑崔永元基金：“中国红十字基金会是做慈善的，为什么以《口述历史》为主要项目的崔永元基金会能挂靠在它下面？《口述历史》也是慈善？根据崔永元公益基金管理规则，可提取使用支出额的10%作为管理和行政费用，那就是2000万元。我突然对崔永元的‘正常收入’很感兴趣。”
由于郭美美事件不了了之，现如今，慈善基金一跟“红十字”联系起来，就容易招致网友吐槽。11日，方舟子质疑崔永元基金会的言论引来网友注意。但其实，他自己的“打假基金”也曾受到罗永浩质疑。所谓“打假基金”，全名是“科技打假资金募集小组”，小组于2006年由“何祚庥、郭正谊、袁钟(后退出)、司马南等组成，并以个人名义发起募捐。方舟子是主要的受资助方之一。罗永浩质疑，“方舟子打假基金没公布过一次支出明细，包括方舟子的安保费用花了59万。曾经说的欢迎监督哪去了？”对于罗永浩的怀疑，当事人方舟子曾回应媒体，虽然打假资金募集小组是因为他而建立的，但是他并不参与到这个小组里面的管理，资金的情况他也不清楚。
