从2002年9月开始，希望工程第三次制度设计付诸实施，从管理思路、管理原则到各项具体工作制度都有较大变化。
首先从管理上摒弃了以往按照类别（贫困学生）和地区（贫困地区）来管理的思路，推行“管理到人”（学生个人）和“管理到校”（希望学校）的新思路。并改变以往平均用力、遍地开花的状况，实行“集中资助”的原则，争取3年内达到并保持40万人左右的资助水平。资助对象也做了调整，由资助贫困学生完成小学阶段学业扩展成从小学、初中、高中到大学的一条龙的资助体系。
在实施层面，几项新制度也随之采用：1）资助对象选拔公示制度。对受助学生产生的各个程序实行公示，增加工作的透明度，根除以往选拔工作中“近亲厚友”现象。2）直接到人的拨付制度。青基会通过银行为受助学生建立个人帐户，按学期将助学金直接发给学生本人。3）受助学生复信制度。受助学生有义务向资助人写信，汇报学习和资金使用情况，不复信的学生将被取消下年度的受助资格。4）再申请制度。要求初中及初中以上受助学生每年度上报成绩单，提出资助再申请，成绩优良的贫困学生才能继续获得资助。一方面体现希望工程集中力量，资助品学兼优的贫困学生的原则；另一方面也体现希望工程雪中送炭的原则，以避免一些受资助学生家境转好却继续占用名额。5）与当地县政府签订具有法律效力的协议，使之成为受助人的责任主体，进一步明确希望工程处于捐款人和受助人之间的受托人角色，同时，要求当地政府保证一定的资助额度。6）以往资助名额在全国近600个贫困县平均分配，今年“希望之星”的名额只给云南、内蒙古两省区，而且要求每个省只安排一个县，以期形成一定的资助规模，全面跟进各项管理措施，为整个社会起到示范作用。
建立在十多年的实践经验基础上，并借鉴了国外同行的成功做法，这次设计试图克服由于制度不完善导致的各种问题，标志着希望工程正逐步走向成熟和完善。1989年和1992年希望工程进行了前两次制度设计，分别确定了希望工程的名称、宗旨、基本的运作模式以及“一对一”的资助方式。希望工程设立13年来已累计资助了250万贫困学生。
