民政部于2015年12月31日发布《关于进一步加强基金会专项基金管理工作的通知》（以下简称《通知》），明确基金会应对专项基金的活动实施全过程监管。
民政部民间组织管理局基金会管理处负责人介绍，最近一段时期，有的基金会过于追求专项基金数量的增长和筹款规模的扩大，忽视了事中事后监管，对专项基金的管理在一定程度上有所失控，暴露出不少问题，损害了基金会的社会公信力，给公益慈善事业带来了负面影响。
《通知》明确了管理的几个重要环节。基金会首先要把好入口关；其次要管住人财物，抓好过程监督。此外还要有退出机制，定期清理，去芜存菁。业务主管单位对基金会的监管要延伸到专项基金，对存在的违法违规行为及时制止，给予告诫，并协助登记管理机关和其他有关部门进行查处。
针对有些专项基金游离于基金会控制之外的问题，《通知》明确要求专项基金的收支全部纳入本基金会账户，不得使用其他单位、组织或个人账户，不得开设独立账户和刻制印章；专项基金不得再设立专项基金。对各方面比较关注的专项基金管理成本问题，《通知》明确要有所控制，捐赠协议有约定的，按约定处理；捐赠协议未约定的，除了为实现专项基金公益目的确有必要之外，一般不超过该专项基金年度总支出的10%。
《通知》还要求，基金会将专项基金的信息公开落实到位，全面及时向社会公众披露相关信息，并向业务主管单位和登记管理机关报告。
