在《物种起源》出版之前，科学家公认的模式是培根（Francis Bacon）的归纳模式，即在实验的基础上大量采集资料，然后对资料进行总结归纳，得出一个简洁的结论，也就是新的知识。
归纳法有两条基本原则：一是做研究时不能有任何先入为主的概念，不应该有强烈的看到某种结果的欲望，甚至都不要去预测可能的结果；二是不要在资料不充分的时候就急着得出一般的结论。
达尔文的《物种起源》采用的是假说演绎法，即先立一个假说，在这个假说的基础上进行演绎，推出一些新的认识，然后去自然界寻找证据来证明这些认识，这样就验证了假说。这种方法在当时被认为是伪科学模式，如今已成为最流行、最具有说服力的方法。
《隐藏的动力：生物在自然界中的价值》一书中所阐释的能流进化论在创作过程中，就是基于黑格尔的“存在即合理”以及佩特洛尼乌斯的“机遇有其原因”提出“生物的出现是因为其存在能够满足自然界某种需要”这一假说，也就是说，生物对自然界是有价值的。接下来利用归纳法，根据生物的共性发现，所有细胞生物都具有呼吸作用，生物的代谢活动使得自然界中分子量相对较高的物质转换为分子量相对较低的物质，难以释放和传递的化学能转化为相对更容易释放和传递的热能，特定区域内的物质分子可以在自然界中更宽广的范围内分布等。这些变化的结果便是，自然界中的能量分布相对更加的均衡。基于此，作者进一步提出，生物在自然界中的价值就是“为了驱动自然界中的能量的分布相对更加的均衡”这一假说，然后再在此假说的基础上进行演绎，推出生命是如何从非生物体系一步步演变成生物体的，以及生物是如何进化的，进化的方向、动力、方式是什么等。
