检测碳水化合物吸收不良的遗传易感性（例如，乳糖酶非持久性）、碳水化合物消化所需某些酶的缺乏（例如，十二指肠低乳症的内镜活检）或特定生物标记物（例如，gaxilose试验）表明，碳水化合物吸收不良在正常健康个体中本身不是病理性的，甚至不常见。在大多数情况下，碳水化合物吸收不良只有在引起腹部症状（不耐受）时才与临床相关。良好执行的氢呼气试验通过检测吸收不良（H2增加超过设定的诊断阈值）和确认客观事件与主观症状发生之间的时间关系来解决这一限制。然而，关于氢呼气试验的重复测试的可靠性证据很少，通过反复试验，氢呼气试验对果糖的反应变化很大。
应注意的是，神经和其他躯体症状（如餐后疲劳和头晕）也与摄入某些碳水化合物有关。然而，研究还没有证实吸收不良与这些非特异性症状的发生之间的时间关联，任何这种关联的生物学机制仍然是推测性的。
氢呼气试验的准确性受到某些因素的限制。氢呼气试验假阳性通常表现为呼气中H2浓度迅速增加，可由口腔卫生不良、小肠细菌过度生长或肠道快速转运引起。相反，至少10%的患者出现氢呼气试验假阴性结果，因为结肠微生物组不能产生足够的H2，而当前技术无法检测到氢呼气试验。如果需要，这可以通过乳果糖氢呼气试验中呼气H2缺乏增加（乳果糖未被小肠消化）来证实。如果口盲时间延长，试验通常只有3小时，底物在试验结束后才进入大肠，也可能出现假阴性。
对氢呼气试验协议的某些改进可能会提高测试性能。如果氢呼气试验与口盲肠传输的独立测量（例如闪烁扫描）相结合，可以减少许多上述的限制。如果采用较低的H2截止值，该方法会提高测试灵敏度，并确保避免与小肠细菌过度生长和/或口盲时间变化相关的潜在假阳性和假阴性结果。不幸的是，增加闪烁扫描增加了该测试的成本，并且这项技术在基于门诊的实践中不可用。
除H2外，测量CH4似乎提高了对低产氢者的测试灵敏度。然而，该检查的方法和临床应用仍然存在争议。已发表的研究并不总是要求呼气中CH4的出现与症状发生之间存在时间关联，相反，在调查的任何阶段（甚至在基线检查时）CH4的存在都可能被报告为“阳性检测”。建议增加CO2监测，以确保收集到足够的呼气样本。然而，在最近的一项儿科研究中，额外测量CH4或CO2并未显著影响碳水化合物吸收不良的检出率。此外，额外气体的测量增加了测试的成本和复杂性。
如果呼气试验之前碳水化合物吸收不良的概率很高，那么摄入后30-90分钟出现典型症状就足以确定诊断，可能不需要氢呼气试验。相反，如果碳水化合物吸收不良的试验前概率为中等或较低，则氢呼气试验对碳水化合物吸收不良的证明有助于区分碳水化合物发酵引起的症状，与其他胃肠道反应（如小肠扩张、肠收缩）相比，或者，重要的是，nocebo效应（即，由于认为干预会造成伤害而产生的负面结果）。
声明2.14
在H2排泄量低的患者、口盲肠转运时间慢的患者（呼气试验结束后开始碳水化合物发酵）以及基线H2浓度升高的患者中，通过呼气试验可能出现碳水化合物吸收不良的假阴性结果。
Q: A, 94%同意，3%不同意
声明2.15
通过呼气试验得出的碳水化合物吸收不良假阳性结果可能发生在小肠细菌过度生长或口盲肠快速转运时间。
Q: A,：94%同意，3%不同意
关于儿童的声明 2.15
影响肠道微生物群、肠道运动和个体敏感性的几个因素可能导致假阳性和假阴性结果。据报道，多达10%-15%的儿科患者不排出H2。
Q：A：94%同意，0%不同意
声明2.16
纳入CH4测量对于提高H2呼气试验检测临床相关碳水化合物吸收不良的临床有用性的作用尚不清楚：敏感性的提高可能会被特异性的降低所抵消。
Q：B，84%同意，5%不同意
建议2.17
甲烷截止值≥高于基线10ppm的增加可能表明吸收不良。
Q：B，S:D，87%同意，0%不同意；
