有一种流行的误解认为小肠细菌过度生长是一种肠道细菌感染，可能会以类似食物中毒的方式感染，或者由于消化道中有太多“有害细菌”而感染。或者小肠细菌过度生长是由于饮食不良、压力或睡眠不足而导致的。这些都不是问题。
小肠细菌过度生长通常是由于身体中出现了其他问题，导致小肠对正常的、有时甚至是友好的细菌过于友好，而这些细菌通常留在你的大肠（结肠）中。
换句话说，小肠细菌过度生长是指有太多的良性细菌生活在你肠道的错误区域。因此，如果患了小肠细菌过度生长，应该和医生谈谈确定潜在原因，并在可能的情况下治疗。如果能首先治疗这些导致小肠细菌过度生长的因素就能防止这种情况再次发生。
关于小肠细菌过度生长的一个特别令人不安的神话是，即使使用抗生素治疗，小肠细菌过度生长也会卷土重来，所以即使服用药物也没有意义。事实上，小肠细菌过度生长通常被治愈，如果不是好的话，通常会长时间远离。
确实有一些小肠细菌过度生长的易感因素是无法治疗的，而有这些危险因素的不幸人群有慢性复发的高风险。但小肠细菌过度生长的许多风险因素都可以解决，这意味着如果根本原因可以纠正，复发就不是一个确定的因素。
事实上，许多人都患有此病，对其原因有一些猜测，但没有一个人是因为此病无法治疗。首先，并不是每个人对医生开的第一个抗生素药物都有反应，而且这些患者通常不会接受另一个疗程的抗生素治疗。在接受另一疗程抗生素治疗的患者中，第一次无效的往往是同一种药物。这意味着最初的过度生长从未得到充分处理，并且会随着时间的推移而持续。
其次，一些与小肠细菌过度生长有关的生物体不是细菌，而是产甲烷的古细菌，它们对治疗小肠细菌过度生长最常用的抗生素利福昔明反应不太好。研究表明，产甲烷小肠细菌过度生长患者通常在使用两种针对不同类型生物体的补充抗生素的混合物治疗时表现更好，而不是单独使用利福昔明。
第三，许多医生并没有通过诊断检测工作来识别和解决小肠细菌过度生长的潜在风险因素，从而导致复发。最后，许多人选择为小肠细菌过度生长服用细菌益生菌补充剂，错误地认为他们的状况是由“好的和坏的”细菌不平衡造成的。理论上，这些益生菌可能是导致小肠细菌过度生长复发的原因。
3.小肠细菌过度生长的益生菌可能是问题的一部分，而不是解决方案的一部分。
对于小肠细菌过度生长的益生菌是否有用，目前还没有基于研究的答案。但是，尽管缺乏证据，互联网上仍然充斥着自称专家的人，他们建议各种声称可以治疗或预防小肠细菌过度生长的益生菌补充方案。想一想：如果小肠细菌过度生长代表了一个过于好客的社区（正常或好的）细菌的过度生长，那么，这些补充剂实际上是不是可能——甚至可能——通过一天又一天地递送浓缩的细菌来“繁殖”复发？
益生菌可能适用于许多小肠细菌过度生长患者，特别是那些小肠细菌过度生长是由于胃酸低或小肠运动缓慢所致的患者。
因此，建议有小肠细菌过度生长病史的患者将益生菌的使用限制在不能在小肠过度生长的酵母菌株，如布拉迪酵母菌（通常被称为Florastor）。
厌恶药物治疗的患者经常寻求小肠细菌过度生长的自然疗法，并经常希望通过饮食治疗小肠细菌过度生长。到目前为止还没有证据表明小肠细菌过度生长饮食可以治愈或预防这种疾病。小肠细菌过度生长饮食的作用是帮助控制症状，直到能够得到治疗，一些饮食通常对控制症状非常有效。例如，低FODMAP饮食可以说是获得最大症状控制的限制性最小的方式——或者说是对节食计划的最佳选择。
所谓的元素饮食，或完全由含有预消化营养素的粉末或饮料组成的饮食，在症状控制方面也很有效，但它们的成本极高，喝起来令人难以置信地不舒服。当将饮食限制在这些粉末中时，可能会感到放松，但很快就会厌倦它们，一旦恢复正常饮食，小肠细菌过度生长症状会很快恢复。
网上流传的一种观点认为，当有小肠细菌过度生长时，限制饮食可以以某种方式“饿死”细菌并自然治愈小肠细菌过度生长，但这一观点尚未在科学研究中得到证实。通过饮食限制，当然可以在一定程度上抑制肠道所有部分的细菌数量，小肠和结肠都是如此，但你永远无法根除它们。
此外，一旦小肠细菌过度生长接受治疗，坚持这些限制性饮食并没有被证明是预防复发的有效策略，至少到目前为止不是这样。注意饮食限制会影响肠道中的所有细菌群落；它的作用不能仅限于那些在小肠内过度生长的群落。因此，长期坚持严格限制饮食可能会对结肠微生物群的健康多样性和平衡产生意外的不利影响。
