小肠细菌过度生长最常见的错误是将小肠细菌过度生长完全视为细菌问题。不幸的是，小肠细菌过度生长不仅仅是一个细菌问题。小肠细菌过度生长是运动和/或肠道功能崩溃的结果。除非这些问题得到解决，否则小肠细菌过度生长将会复发。治疗计划应同时解决细菌清除和修复消化道的问题。
为了清除细菌，可以使用药物或草药抗生素。利福昔明是治疗小肠细菌过度生长最有效的药物抗生素。它在小肠局部起作用，但似乎不会对大肠中的细菌造成伤害。这是利福昔明的一个重要好处，因为其他抗生素往往会不加区别地消灭大肠细菌。如果你杀死了结肠中的大量有益细菌，就会容易导致大肠微生物群失衡。
如果对使用抗生素的效果不理想，或者不适宜使用抗生素，可以考虑草药和植物制剂。草药在清除小肠细菌过度生长方面被证明与药物抗生素一样有效。此外，草药在针对有害细菌时更具针对性，而对有益细菌则置之不理。
饮食调整也是小肠细菌过度生长治疗的重要组成部分。什么样的饮食对小肠细菌过度生长有争议。许多流行的小肠细菌过度生长饮食，如低FODMAP饮食，都是基于这样一种理论，即必须消除用来喂养细菌的纤维，以饥饿过度生长虽然减少纤维可以减轻症状，但低纤维饮食可以饿死过度生长。某些小肠细菌过度生长病例可能需要暂时限制纤维以帮助控制症状。长期低纤维饮食会使所有肠道细菌挨饿，导致大肠的不平衡和病原体。如果大肠中没有健康的微生物群，小肠就不能正常工作。当在低FODMAP和低碳水化合物的饮食中试图饿死细菌时，可以看到很多致病细菌在大肠里突然出现。结果，对食物的限制越大，感觉就越糟。在处理小肠细菌过度生长时，重要的是要记住，饮食中的纤维不是根本问题！即使是最严格的低纤维饮食也无法治愈小肠细菌过度生长。过多的食物限制实际上是有害的。当过度限制饮食时，会导致营养不足、大肠问题、激素失衡、体重减轻和压力。世上没有一种完美的小肠细菌过度生长饮食！最成功的小肠细菌过度生长饮食侧重于减轻症状和炎症，而不是饥饿的细菌。同时吃营养丰富的全食饮食应该有助于减少症状。面筋和高度加工的食物也应该避免，以进一步减少胃肠道炎症。
甲状腺机能减退
脑肠轴功能障碍（迁移性运动复合体活性低和回盲瓣问题）
PPIs产生的低胃酸
肝脏炎症
胃肠道手术导致阻塞
重金属毒性
慢性应激引起的高皮质醇
最近或过去的食物中毒
肠道炎症（包括肠道渗漏）
大肠失衡
如果胃肠运动能力差，促动力药物可能是有用的工具。它们刺激迁移性运动复合体活性，使食物在胃肠道内流动。目标应该始终是重新启动自己的胃肠运动过程，但促动力可以在治疗的初始阶段保持适当的运动，直到系统重新启动并运行。
