过去，小肠细菌过度生长被认为是非常罕见的疾病。实际上，小肠细菌过度生长不是一种新疾病。早在上世纪40年代就有人提出小肠细菌过度生长的概念。然而，在过去只认为小肠细菌过度生长可能只发生在某些手术后导致肠道解剖结构改变的患者，或者硬皮病的患者。主流医学缺少对小肠细菌过度生长的认识，也缺少诊断小肠细菌过度生长的方法。没有人想到肠易激综合征、药物、麻醉剂或老年会与小肠细菌过度生长有关。也没有人认识到小肠细菌过度生长与很多肠道外疾病有关。
本世纪以来，人类肠道微生物组研究进入蓬勃发展的时代，胃肠病学家和其他内科医生开始更多地关注普通人群中的小肠细菌过度生长，检测技术的发展和国际诊断标准的建立，为认识小肠细菌过度生长提供了条件，可以开始为患者提供有效的治疗。即使有些小肠细菌过度生长无法治愈，通过诊断也可以为患者提供一种解释，解释过去可能忽视和无法解释的慢性、麻烦的症状。
小肠是负责消化和吸收的器官，不应该包含太多的细菌。小肠有三个关键的方法可以将细菌保持在最佳水平，即胃有足够的胃酸，小肠有良好的运动性和小肠与回肠之间的瓣膜保持正常功能。任何影响这三个功能的的东西都会促进细菌的过度生长。根据2016年12月《梅奥诊所会刊》上发表的一篇初级保健综述，患有糖尿病或长期使用阿片类药物的患者因运动障碍而患小肠细菌过度生长的风险增加，而老年患者和使用质子泵抑制剂（PPI）的患者因pH值改变而风险增加（Krajicek and Hansel. 2016.）。
但在小肠细菌过度生长患者中，过多的细菌，特别是致病菌数量增加，可能是肠道的症状的主要原因。由于各种原因引起的小肠细菌过度生长，患者的小肠内会积聚过多的细菌，细菌和代谢产物会产生常见的非特异性胃肠道症状，如腹胀、肠胃气胀、腹泻和腹痛。
虽然小肠细菌过度生长患病率的统计数据很难获得。近年来的研究正在揭示小肠细菌过度生长可能与肠易激综合征有关。肠易激综合征患者中小肠细菌过度生长的比例估计在30%到80%之间。
虽然可以对空肠进行细菌抽吸做细菌培养和基因分析，但因为是介入方法，且程序繁琐，这种方法仅用于研究。要诊断小肠细菌过度生长，临床医生基本上有两种选择：通过呼气试验测量呼出气中肠道细菌发酵产生的代谢产物或提供经验性治疗。经验性抗生素治疗的问题是治疗盲目，还可能会使患者面临潜在耐药性或艰难梭菌感染的风险。氢和甲烷呼气试验的好处是可以了解小肠细菌过度生长的分型，对产生氢气的细菌检测呈阳性的患者与那些产生甲烷的患者或两者都有的患者需要采用不同的治疗。这就是为什么越来越多的医生倾向于支持进行呼气试验，而不仅仅是经验性治疗。在2017年5月的《美国胃肠病学杂志》上发表的一份共识声明建议使用呼气试验诊断小肠细菌过度生长（Rezaie, et al. 2017.）。
小肠细菌过度生长诊断有两种主要的呼气试验方法，一种是利用乳果糖激发，另一种是葡萄糖激发。共识声明称，每种药物的适当剂量分别为10克和75克。根据发表在2008年6月《消化系统疾病与科学》上的系统综述和荟萃分析乳果糖呼气试验诊断小肠细菌过度生长的敏感性和特异性分别为31%-68%和44%-100%，葡萄糖呼气试验的敏感性和特异性分别为20%-93%和30%-86%（Khoshini, et al. 2008.）。
在对10项小肠细菌过度生长患者研究的系统回顾和荟萃分析中，抗生素通常比安慰剂更有效，联合呼吸试验正常化率为51.1%，而安慰剂为9.8%。根据发表在2013年10月《消化道药理学与治疗学》上的综述，利福昔明是迄今为止最常用的研究抗生素，整体呼吸试验正常化率为49.5%（Shah, et al. 2013.）。在2016年5月《南方医学杂志》发表的一项小型研究中，在100名疑似小肠细菌过度生长患者中，74.2%的患者报告了利福昔明方案的疗效。虽然抗生素是有效的，但有些患者会复发，需要重新治疗。在一年到18个月后必须重新治疗（Long and Di Palma. 2016.）。
对患有便秘的肠易激综合征的患者，如果他们有以甲烷为主的小肠细菌过度生长，则需要不同的治疗策略来对付产生甲烷的细菌。这些患者单独使用利福昔明不会有反应，但在利福昔明中添加新霉素效果良好。其他用于小肠细菌过度生长的抗生素包括甲硝唑、环丙沙星、四环素、新霉素和磺胺甲恶唑/甲氧苄啶。由于恶心的副作用，患者对甲硝唑通常不能很好地耐受，对这些患者服用低剂量环丙沙星（250毫克，每天两次，连续10天）效果良好。对氟喹诺酮类药物引起肌腱炎的风险持谨慎态度。强力霉素价格便宜，耐受性好，也可以使用。
对于肠易激综合征患者，需要记住的一点是，服用了像双环胺（dicyclomine）这样的肠道解痉药，这会影响运动能力，减慢小肠传输的速度。如果是小肠细菌过度生长，应该对双环胺保持警惕，慎重使用。
有抗菌作用的草药在未来可能会带来一些希望。发表在2014年5月《全球健康和医学进展》上的一项回顾性研究发现，46%接受商业草药制剂的患者在四周时的后续乳果糖呼气试验呈阴性，而利福昔明使用者为34%（Chedid, et al. 2014.）。
许多小肠细菌过度生长患者单用抗生素是无法治愈的，需要采用多种方法。鉴于，小肠细菌过度生长患者对某些食物有碳水化合物不耐受或敏感性是很常见的。采用特殊的饮食疗法在治疗小肠细菌过度生长中作为辅助，有利于达到更好的治疗效果。《肠道与肝脏》2017年3月发表的一篇综合评论文章称，一种非抗生素治疗方法是饮食操作，这可能对肠易激综合征患者，尤其是小肠细菌过度生长患者有所帮助。研究表明，限制可发酵低聚糖、双糖、单糖和多元醇（FODMAPs）可能有助于减少气体和相关症状（Ghoshal, et al. 2017.）。
