现代教育恪守的基本原理之一是循序渐进，纵横联系，重视知识整体结构的连续性。近年来中医教育恰恰从宏观方面忽略了这一原理，结果出现两大缺口。
第一是中医教育（特别是高等教育）与普通中等教育之间，在知识传授方面出现严重的不连续性。普通中等教育，给学生的自然科学知识主要是数学、物理、化学、生物学等。而学生们一进入中医学院学习中医专业，就发现以往的知识基本无用或完全无用。他们很难接受完全陌生的、中医基本理论及构筑这些理论的方法。这使许多学生感到苦恼、失望，也是中医教育效果不佳的原因之一。很显然，造成这种不连续性的主要原因，与传统中医理论产生时的文化背景有关。
古代读书人在学习经、史、子、集过程中，对中医的基本概念和方法已比较熟悉，故转而学医并不存在什么问题。而现代学生中相当一部分人没有听说过阴阳、五行、脏象、运气、干支等名词。
第二是中医教育（主要指专业知识教育）中，中医知识与西医知识的严重不连续性。这也是历史遗留的问题。解放前后的中医教育曾多方设法解决这一问题，可惜实际做法往往是扩大了这一缺口。
稍加分析便会发现，以上两大缺口实际上是一个问题。西医教育并不存在与普通中等教育知识脱节的问题，因为它本身就建立在近、现代科学技术基础之上。所以，中医教育的关键问题是如何使中医内容与现代科学技术发生有机联系。
假如以上基本分析得不到普遍承认，那么我们面前就有两种可供选择的方法。一是让学生抛弃中学时代的知识，再回到古代去，走古代中医教育的老路。即使学一点西医知识，也作为陪村，另搞一套，完全与中医无关。二是给传统的中医知识，以尽可能全面的现代科学说明，使这些内容与学生中学时代已有的知识密切联系，同时与西医知识联系。笔者认为，第一种方法对绝大多数学生而言是不可行的，中医教育工作者至少在理论上也不赞成那样做。第二种方法应该是可取的，但实施起来难度很大。三十年来，中医教育实际上是在两者之间摇摆，尤其是近年来的做法更倾向于前者，究其原因有三：
（一）不少人把“突出中医特色”、“振兴中医”、“尊重中医的内在规律性”等说成中医教育的首要原则。其实，这是对有关政治理论的误会。建设具有中国特色的社会主义，绝不等于中国的科学技术都将保持中国特色。恰恰相反，中国人在科学技术方面的发明创造越具有超出中国的普遍意义就越有普遍的真理性，教育科学也是如此。“振兴中华”不是要振兴到几百年、几千年以前的汉唐时代，而关键在于“开放”和“搞活”。这是在严峻的挑战面前唯一有出路的抉择。振兴中医显然不能“封闭”、“统死”，让中医的学术水平和社会地位回到古代去。至于“内在规律性”，笔者认为，中医在古代不可能脱离中国文化发展的一般规律，现在更不能脱离中国（不仅中国）科学技术和整个教育发展的规律——即外在环境赋予它的规律性。我们不应在这个问题上忘记了中医的整体观。中医教育是我国教育系列的组成部分，近代以来特别是1900年以后，中国的教育无时不受世界教育潮流的影响。
（二）过分强调整理、继承，忽视发扬。教育过程主要是继承，问题在于继承什么？怎样继承？整理和继承关系如何？几十年来，中医文献整理的实际结果是本本越整越厚，内容越整越繁琐、重复。古代的东西似乎都是精华，都不过时。把这些东西都拿来继承，就永远继承不完。近年来中医教育的结果说明，读完研究生，大多仍是整理型人才。他们的知识圈很难超出中医古典知识范围，不知道怎样开拓和创新。而观近、现代世界教育发展的规律，则与此相反。
（三）不承认中西医知识间的联系，不承认中医欲现代化必先通过西医这一主要中介。这是当前中医教育中最敏感的问题。笔者以为中医教育理论必须先从这一点上突破。从另一角度看是弥补这一大缺口。如果能认识到这一点，上述第一个缺口便会自然弥补。
当前，主张搞“纯”中医教育的人已经不多了。中医院校（和专业）基本上没有不设西医课的。但是，若问设西医课的目的是什么，一般人都说这是“必要的西医课”。那么从中医教育角度看，“必要”二字怎样理解呢？假如它同中医知识无关甚或有损，不是极不“必要”吗？假如有关而且有益，为什么不在教材编写和教学过程中使二者有机地结合起来呢？为什么硬要搞二八开或三七开，使二者互不相谋呢？只有这样才恰到好处吗？浅见以为，这种矛盾状态是造成中医教育中第二大缺口的原因。不从理论上解决这一问题，必然使两个缺口日益加大，结果是中医教育越来越不能满足社会和学生的需求。
总之，中医教育要想开创新局面，必须先从弥补中医教育与普通中等教育脱节、中医知识与西医知识脱节这两大缺口入手。理论上应该研究在教学过程中，中医知识如何与西医知识有机结合，从而保证中医教育更好地进行。
