新型城镇化和城乡一体化不断推进，人口和其他生产要素流动不断加速，原有的乡村治理机制已很难适应，乡村治理正面临许多新的挑战。为此，需要不断创新乡村治理体制机制，既发挥行政的力量，也要将现代治理要素引入乡村治理之中，激发乡村的自治活力，发挥群众的主体作用。
新型城镇化和城乡一体化加速推进，乡村治理正面临户籍人口的“人户分离”，非户籍人口大量涌入，村民利益诉求增加，各种矛盾交错，基层自治组织功能和作用亟待增强等新情况新问题，原有的乡村治理机制已很难适应现代社会的要求。
乡村权力不对等，村级治理呈现行政化趋势。随着经济的发展和改革的深入，农村经济成分日益复杂，乡村经济社会事务日益增多。作为国家政权体系基础的乡镇政府是“行政”主体，具有公共性和强制性，“村治”则是以村民意愿为后盾，具有自治性和群众性。有些情况下，两者关系表现为乡镇政府对村民组织的行政干预，村民组织承担了许多行政性事务，乡镇政府、村党支部和村级自治组织各自的职权边界不清，部分地方出现村社一体、政经不分等问题，村民自治的主体地位难以真正行使。
人口流动性增加，村民自治整体水平不高。当前，村民自治存在着整体水平不高且发展不平衡等问题。一方面，随着城镇化进程的加速，大批农村青壮年劳动力选择进城务工，导致农业生产力下降，乡村活力不足，留守妇女、留守儿童、留守老人成为较为严重的社会问题，乡村空心化已成为不争的事实，村民参与自治的意愿和能力都明显下降。村民自治既缺少高素质、能够带领村民致富的村干部，也缺少有文化、善经营、懂技术的新型农民。另一方面，随着土地流转的深入以及外来涉农投资企业的增加，一些乡村外来人口数量激增。乡村的一些公共事务，如农村道路建设、环境保护、社会治安等，与他们的切身利益息息相关，其参与社区自治的意愿呈上升趋势。但由于缺乏相应的法律依据和参与渠道，他们参与乡村治理的程度主要取决于当地乡镇政府和村级组织的态度，具有很大的不确定性和随意性。
乡村财力有限，乡村公共产品提供不足。城乡一体化要求城乡基本公共服务均等化。充足的财力是乡村开展有效治理的基础。在乡镇财政退缩的背景下，乡镇政府缺乏相应的财权，又要完成上级政府的任务和检查，承担了相对多的事权，这种财权与事权的不平衡，弱化了乡镇政府提供公共产品和服务的职能。与此同时，城乡融合背景下，乡村振兴战略的实施，村级治理工作因为治理事务增多、治理标准更高而加重。在村级集体经济收入增加有限以及村民要求减负的情况下，部分行政村村级治理陷入“无钱办事”的困境，难以胜任向村民提供公共产品和公共服务之重要职责。
党的十九大提出，加强社会治理制度建设，完善党委领导、政府负责、社会协同、公众参与、法治保障的社会治理体制。城乡一体化进程中，需要将现代治理要素引入乡村治理之中，既发挥行政的力量，又激发乡村的自治活力，发挥群众的主体作用。
加快转变政府职能，构建多元协同治理新格局。要理清乡镇政府的财权与事权，尽快完善县乡间分税制改革，建立规范的财政转移支付制度，改变预算制度的分散化格局，建设统一的预算制度，理顺县与乡镇的财政关系。要进一步明确乡镇政府与村级自治组织的关系，明确村两委职责，厘清乡镇政府、村党支部和村级自治组织各自的职权范围。在经济发达地区，积极探索农村集体经济组织与村委会财务事务分离改革，探索村级公共开支由公共财政和集体经济组织按比例共同承担机制。
提高村民的主体地位，完善乡村自治机制。在城乡一体化进程中，要激发乡村的自治活力，发挥群众的主体作用。不久前中央办公厅、国务院办公厅发布的《关于加强和改进乡村治理的指导意见》指出，健全党组织领导的村民自治机制，完善村民(代表)会议制度，推进民主选举、民主协商、民主决策、民主管理、民主监督实践。要培育和发展村民的现代公民意识和公共精神，树立参与乡村社区公共事务管理和社会公共服务的意识和意愿。要进一步健全村级议事协商制度，建立畅通的参与渠道，为村民建言献策提供平台，提升乡村治理的民主性;开展多样性的社区活动，鼓励村民树立共同的生活理念，提升其对乡村治理的认同感。
大力发展社会组织，增强乡村服务功能。城乡一体化进程中，乡村治理的服务元素愈来愈重要，服务内容愈来愈多，服务要求也愈来愈高。要在乡村治理中引入市场机制，政府所承担的经营性事务可以推向市场，通过项目发包、公开招标向社会组织购买服务使其与社会组织形成互惠关系，节约行政成本。村组合并后行政村的管理范围扩大，农村民间组织获得了更大的成长和发挥作用的空间。要大力发展村民议事会、老年协会、老年娱乐宣传队、红白理事会、美德善行促进会等社会组织，有效增强乡村的服务能力，扩大服务的规模，不断发挥社会组织在乡村治理中的积极作用。
建立村治优秀人才的培育机制，提高村干部治理能力。当今农村社会生活愈来愈丰富和复杂，基层政府不可能包揽所有事务，大量社会事务需要村民自己处理。优秀人才是政府与村民互动的中介与桥梁，在政府与村民之间的互动与博弈中起着举足轻重的作用。要建立村治优秀人才的产生机制，引入外部力量尤其是大学生村官、乡村教师、乡村医生、涉农科研人员以及下乡扶贫干部等优秀的青年人参与乡村治理;积极实施村党支部书记、村委会主任等乡村发展带头人整体优化提升行动，健全科学合理的激励机制，真正将村级班子打造成一支有信念、有思路、有能力的基层实干家队伍。
