中投顾问医药行业研究员郭凡礼在接受《中国产经新闻》记者采访时指出，公立医院改革是最难的一块。因为推进公立医院改革试点直接触及了“以药养医”体制的顽疾。
一方面是因为公立医院改革试点触碰到某些部门和集团的利益，使得改革试点难以推行。地方政府并没有改革的动力，他们还在和中央政府博弈。“中央想的是让地方自己试点，自己找办法进行公立医院改革。而地方政府则希望中央能拿出一个统一的方案。”郭凡礼说。
另一方面，其实公立医院从一开始就对新医改持一种冷漠的态度，这是因为对于公立医院而言，新医改的推行只能使其收入减少、利润降低。因此，推行公立医院改革明显缺乏动力。
根据中投顾问产业研究中心资料显示，目前中国医院及医疗机构的收入来源主要有3部分：药品的销售收入、政府财政投入以及医院的诊疗服务收入。其中药品的销售收入是医院收入的大头，在中国“以药养医”的体制下，医院只能依靠药品收入来弥补经费不足。然而新医改方案推出以后，实行基本药物制度、实行“零差率销售”都给医院及医疗机构增添了不少压力。
公立医院改革后，一直依托于药品销售而生存的医院利润急剧下降，这显然让医院及医疗机构不满。虽然对于消失的这部分利润政策明确表示地方财政将给予补偿，但从新医改推行到现在的状况来看，就算是广东这样财力雄厚的经济大省其地方财政补偿也只能勉强维持，那么对于地方财政偏紧的地区来说其“政府补偿”更是处于经常缺失的状态。
由于新医改施行一年收效甚微，药价虚高现象越演越烈。因此，中央层面开始加大力度打击高价药，对药品的招标配送等各个环节出台新政加以规范，比如最近广东省公布的《关于对药品价格实行“三控”管理的通知》，要求对实行政府指导价的药品采取控制药品的最高零售价、实际供货价以及流通差价率的“三控”管理。也就是说，今后药品从出厂、批发、零售每一环节的加价率都要在规定的范围之内，这也让医院及医疗机构相当“恼火”。
