中央政府、地方政府、房地产开发企业和民众之间的矛盾关系共同影响了经济适用住房政策的发展与演进，也解释了这一政策在贯彻执行过程中出现的许多问题。政府的本意是希望通过经济适用住房政策克服市场失灵，但却未能有效克服政府失灵。
经济适用住房政策是1998年以来住房改革的重要组成部分，经济适用住房从用地、开发、行政费用、定价和购房等各个环节都能够享受一定的优惠和政府补偿，其目标供给对象是中低收入群体。所出售的住房明显涉及一定的收入因素，且转移的对象已明确规定为中低收入人群。但是，这一政策在设计和执行中都存在缺陷。
经济适用住房政策的推行，是政府希望通过行政调节弥补市场失灵，解决中低收入人群的住房困难，然而却未能有效地防止政府失灵，这主要是因为经济适用住房政策存在设计缺陷和缺乏市场基础。
经济适用住房政策在设计中的缺陷必然导致执行中的种种问题，由于地方政府、开发企业和购买群体之间的利益并不完全一致，经济适用住房在执行中出现的许多现象都违背了政策初衷。问题主要有：受益群体偏移政策目标、开发企业利用优惠政策、购买家庭的套利行为、政府的高监管成本。
经济适用住房在保障性住房中的地位逐渐弱化。中低收入家庭住房保障供应方式多样化，经济适用住房占比会有所减少。 1998年开始实施经济适用住房政策时，希望通过这一政策的单一途径解决占总人口70％—80％的中低收入人群的住房困难问题。 “十二五”期间，经济适用住房和限价房仅占新建保障性住房的20％，反映出地位在逐渐弱化。
经济适用住房政策空间进一步缩小。经济适用住房已被明确定位为保障性住房，与最开始的“政策性商品住房”的定位有了本质区别。根据北京市的政策安排，目前的经济适用住房可分为两部分：一部分是销售型经济适用住房，另一部分是租赁型经济适用住房。随着2006年限价房制度、2009年公共租赁住房制度的推出，这两类经济适用住房都有被其他住房政策取代的可能性。
经济适用住房用于定向销售。从2005年开始，北京市实行了经济适用住房定向销售政策，定向销售的对象是城八区当年解危排险、城中村改造、重点工程和奥运工程的拆迁户。购买经济适用住房有两个步骤：一是先要取得购房资格，二是按定向销售政策登记确认指标。
经济适用住房向保障性回归。首先，在准入环节上，受益群体范围定向化，由一般模式向特惠模式转变，定向销售给拆迁户。其次，在退出环节上，逐步由自由流通模式向内循环模式过渡，低收入家庭购得经济适用住房后只能用于家庭居住，不得转售或出租。购房家庭在转手经济适用住房时，只能出售给政府，由政府重新分配给其他符合购房条件的低收入家庭，实现经济适用住房在低收入群体中的良性循环。准入和退出环节的严格限制，突出了经济适用住房的政策性和保障性，标志着经济适用住房的保障性特征逐步加强。
短期内，经济适用住房政策依然会存在，但将重新定义和进一步规范。在土地资源稀缺、房价居高不下的情况下，政府必须保证一定数量的经济适用住房供应。同时，在建设、分配、管理等环节进一步规范经济适用住房相关制度。
从长期来看，经济适用住房政策的基本理念将逐步转变，由保障居民“人人有住房”到“人人有房住”，由保障中低收入家庭的“房产权”转变到优先保障他们的“居住权”，由经济适用住房“自由流通”的模式转变为逐步实施经济适用住房的“内循环”模式，由着眼于经济适用住房的“应急式”建设转变为兼顾制定经济适用住房的中长期整体规划。
