新世纪以来，我国农业农村发展的各个方面都发生了重大变化，农业农村发展进入了一个新的阶段，在农业农村制度安排、农产品供求、农产品成本、农产品价格、农村劳动力、农业经营方式、农业科技、农民收入等方面呈现出较为明显的阶段性特征：
一是农业农村制度安排从被动调整转为主动设计。改革开放以来，我国农业农村的制度安排以被动调整为主，如家庭承包责任制的实施、粮食流通体制的改革、税费改革等。进入新世纪，尤其是2004年以来，中央一号文件重新关注“三农”，中央高层领导提出“两个趋向”重要论断，政府实施了一系列“多予、少取、放活”的强农惠农政策，农业农村制度安排开始从被动调整转为主动设计。
二是农产品供求总量紧平衡，部分品种呈现结构性短缺。2004年我国农产品国际贸易首次出现逆差，此后一直处于逆差状态。粮食自给率已从20世纪90年代的99.6%下降到2010年的90%左右。部分品种结构性短缺凸显，如2010年进口棉花284万吨，约占国内产量596万吨的1/2；进口植物油687万吨，是国内消费量2575万吨的1/3。此外，部分品种结构性短缺还体现在优质农产品的短缺上，一系列食品安全事件的发生使消费者对优质、安全农产品的需求急剧增加。
三是农业生产成本持续走高，各类费用全面上涨。2003年以来，我国主要农产品生产成本进入新一轮上升阶段，2006年左右成本增幅开始明显加剧。同时，各类农产品生产费用全面上涨，种植业中每劳动日工价、每亩土地成本、每亩化肥成本、每亩机械成本均持续走高。
四是农产品价格波动性上涨，影响因素多样化。1999-2003年我国主要农产品价格指数累计下跌约10%，2004-2011年累计上涨约72%，2004年起农产品价格转为明显上升态势。三大粮食品种、蔬菜和棉花价格的年均波幅较小，大豆、食油和猪肉较大；蔬菜价格的年内周期波动较强。农产品价格波动性上涨主要缘于成本上升、供需结构变化、货币过度供给和国际价格传导等。
五是农村劳动力有限剩余，农业劳动力结构性短缺。由于我国农村人口基数大，目前农村仍有1亿左右的富余劳动力。但是，随着大量农村劳动力向城镇转移，青壮年劳动力、受教育程度相对较高的劳动力、男性劳动力在农村劳动力的比重大幅下降，农业青壮年劳动力短缺、农忙季节短缺、区域性短缺问题突出。
六是农业组织化进程加快，经营方式日益多样化。农民专业合作社与各类农业产业化组织迅猛发展，农业组织化进程明显加快。截至2011年6月底，全国农民专业合作社达44.6万户。农业经营方式日益多样化，“公司+农户”、“公司+合作社+农户”等多种农业经营方式并存，家庭经营、合作社经营与企业经营高度融合，农业纵向一体化进程加速，农业经营规模不断扩大。
七是农业科技贡献率稳步提升，地位日益突出。近几年来，农业科技贡献率以年均1%的速度增长，2009年已达到50%，超过了土地、劳动力和物质要素投入的贡献份额。2010年良种覆盖率达到96%以上，农业机械化水平达到52%，农业科技贡献率达到52%。我国农业增长方式已由土地、劳动力和物质要素推动为主进入以科技推动为主的阶段。
八是农民收入持续稳定增长，工资性收入与家庭经营收入双增长格局基本形成。1998-2003年农民人均纯收入年均实际增长3.9%；2004-2010年，年均实际增长8.2%，是前一时期的2.1倍。1998-2003年工资性收入、家庭经营收入、转移性收入、财产性收入对农民增收的贡献率分别为90.7%、-0.07%、0.3%、9.7%，2004-2010年分别为46.2%、38.8%、10.9%、4.1%，工资性收入与家庭经营收入双增长格局基本形成。
在新阶段，我国农业农村发展的趋势与面临的挑战有如下八个方面：
一是“三化”发展进一步加快，但农业现代化亟待同步推进。2001-2010年，工业增加值从43581亿元提高到160030亿元，城镇人口占总人口的比重从37.7%提高到49.7%。然而，我国农业现代化建设明显滞后于工业化和城镇化。农业基础还比较薄弱，耕地、水等资源约束日益加剧，农业生态环境恶化的趋势没有根本改变，农田基础设施建设滞后，机械与科技装备水平不高，农业经营主体整体素质较低。
二是主要农产品的供求可能持续紧平衡状态，部分农产品供给压力进一步增大。随着人口增长，城镇化率上升，消费结构升级和工业用途拓展，我国农产品需求刚性增长；同时，耕地不断减少，水资源短缺，青壮年农业劳动力流出，农田基础设施老化，农产品供给增长趋缓。从近中期看，我国主要农产品供求很可能继续维持紧平衡状态。部分农产品供给压力将进一步增大， 2000-2010年，大豆、玉米、棉花、植物油的进口量分别从1042万吨、0.03万吨、5万吨、179万吨增加到5480万吨、157.24万吨、284万吨、687万吨，产需缺口逐步扩大。
三是农产品价格将保持高位运行，调控难度日益增加。随着工业化、城镇化的快速推进，农业与非农产业、农村与城镇在劳动力、耕地等方面的竞争加剧，农业用工成本、土地成本进一步上升；受国际能源价格影响，化肥、机械、农药等现代生产要素的价格也在不断上升。中长期内，我国农产品供求总体偏紧，部分农产品结构性短缺，这将推动农产品价格继续上扬并保持高位运行。同时，影响农产品价格的不确定因素明显增多，价格调控难度日益增加。
四是农业组织化、规模化、集群化态势明显，农业社会化服务体系配套任务加重。随着政府扶持力度加大、农民合作意识增强、土地流转速度加快，农民合作经济组织的数量将持续增加，规模将不断扩大，农业组织化将更加凸显。同时，农业规模化水平也将持续提高，截至2011年上半年，土地流转面积占承包耕地总面积的16.2%，比2007年提高11个百分点。此外，我国农业生产经营活动开始呈现出明显的集群化趋势，如山东寿光的蔬菜产业集群、安徽砀山的水果产业集群等。在农业组织化、规模化、集群化态势日益明显的同时，农业社会化服务体系配套任务加重，水、电、路、气、房等基础设施无法与组织化、规模化、集群化的现代农业相配套。
五是农业科技创新能力进一步提高，但科技水平仍相对落后。随着国家对农业科技投入的加大、农业科技推广体系的不断完善、工业对农业科技进步支撑作用的加强、国外先进农业技术的引进，我国农业科技进步的速度将加快，农业科技创新能力将可能大幅度提高。虽然我国目前农业科技贡献率已达50%以上，但仍远低于欧美发达国家水平。同时，全国各地的农业科技贡献率也很不平衡，如北京市2010年的农业科技贡献率达到70%，但是一些地区却还在30%至40%之间徘徊。
六是农业对外开放进一步扩大，但农业产业安全形势更加严峻。2001-2010年，我国农产品贸易总额从279亿美元增加到1219.6亿美元，年均增速33.70%；2001-2009年，我国农业利用外资总额从8.99亿美元增加到14.29亿美元，年均增长6.55%。随着农业开放度的提高，国外低价农产品大量冲击国内市场，外资对国内种子、化肥行业的控制日益严重，跨国公司对我国农产品进出口的影响逐步增强，这些新变化不仅加大了国家宏观调控的难度，也使我国农业产业安全面临更加严峻的挑战。
七是农民工市民化进程加快，但农村社会事业发展和乡村治理难度加大。随着工业化、城镇化的推进和户籍制度的改革，越来越多的农村劳动力转向非农就业并获得城镇户籍；同时，新生代农民工逐渐成为主体，留城意愿愈加强烈。然而，大量青壮年、高素质人员流出农村，农村老龄化、妇幼化、低质化进一步加剧，这不仅影响农村公共品的有效供给，而且也给我国的农村养老、医疗、留守儿童教育等提出了挑战。此外，农村精英的流失使乡村治理空心化、恶势力化问题凸显，对社会稳定构成隐患。
八是农民收入保持稳定增长，但增收压力进一步加大。在农产品价格攀升、农民工工资上涨、强农惠农政策的作用下，农民收入将稳定增长。但是农民增收压力加大。农产品成本上升，缩小家庭经营收入的增长空间；金融危机冲击就业稳定性，加大工资性收入增长压力；土地产权改革任重道远，财产性收入存在不确定性；受WTO规则和国家财力限制，转移性收入增长十分有限。
新形势下，我国农业与农村发展仍面临着重大挑战。国家应坚持统筹观，在工业化、城镇化快速发展中同步推进农业现代化，加快转变农业发展方式，努力促进城乡经济社会和农村区域协调发展，把解决“三农”问题视作一项系统工程，必须长期坚持。应对上述挑战，采取如下措施：一是加快转变农业发展方式，大力推进现代农业发展；二是坚持科技驱动和制度保障双重杠杆，稳定提升农产品综合生产能力；三是加强对农产品价格的研究与监管，努力营造良好的农产品价格舆论环境；四是扶持新型农业经营主体，构建农业社会化服务体系；五是加快农业科技创新，进一步培育新型农民；六是强化政策联动性与培育本土重点农业企业，保护农业产业安全；七是继续深化户籍制度改革，推进城乡公共服务均等化；八是调整国民收入分配关系，努力拓宽农民增收渠道。
