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健全完善自然资源资产管理体制，分级行使全民所有自然资源资产所有权，应立足生态文明体制的总体部署，以解决自然资源资产保护和开发过程中的突出问题为导向，以产权管理为保障，以合理划分中央与地方的财权事权为纽带，加快建立全民所有中央政府直接行使所有权、全民所有地方政府代理行使所有权的自然资源资产管理体制。
党的十八大以来，党中央、国务院对自然资源管理体制改革作出一系列部署，提出建立分级行使全民所有自然资源资产所有权的体制。党的十九大进一步明确提出，设立国有自然资源资产管理和自然生态监管机构，统一行使全民所有自然资源资产所有者职责，统一行使所有国土空间用途管制和生态保护修复职责。2019年4月，中央办公厅、国务院办公厅印发《关于统筹推进自然资源资产产权制度改革的指导意见》，提出建立中国特色自然资源资产产权制度体系。这些都为分级行使全民所有自然资源资产管理体制改革明确了目标，指明了方向。
进一步明确所有者的地位和产权主体。针对实际操作过程中全民所有自然资源被地方、部门、社团或个人占有的问题，应进一步明确国务院自然资源主管部门统一行使全民所有自然资源资产所有者职责，着力解决所有者缺位问题。针对全民所有与集体所有、全民所有中央政府直接行使所有权与全民所有地方政府代理行使所有权的边界不够清晰等方面的问题，应加强自然资源统一调查，全面掌握自然资源的数量、质量、分布、权属、保护和开发利用状况，划清不同类型所有者、不同类型自然资源的边界，进一步明确不同类型自然资源的权利和保护范围。
进一步保护全民所有者的合法权益。针对全民所有自然资源资产市场化出让程度不高，应按照所有权与使用权相分离的改革要求，实行竞争性出让，规范协议出让，探索自然资源资产所有者权益的多种有效实现形式，充分发挥市场配置资源的决定性作用。针对全民所有自然资源资产收益流失的问题，应健全自然资源资产监管体系，编制自然资源资产负债表，建立源头严防、过程严管、后果严惩的监管制度，着力维护全民所有者的权益。
进一步明确中央与地方的事权财权关系。针对全民所有自然资源资产收益征缴与支出不匹配的问题，应完善全民所有自然资源资产收益管理制度，合理调整中央和地方收益分配比例，优化支出结构，重点加强对自然保护区等各类自然保护地的生态保护修复力度，着力解决重开发轻保护等方面的问题。
准确把握分级行使所有权的改革原则
健全完善自然资源资产管理体制，分级行使全民所有自然资源资产所有权，应立足生态文明体制的总体部署，以解决自然资源资产保护和开发过程中的突出问题为导向，以产权管理为保障，以合理划分中央与地方的财权事权为纽带，加快建立全民所有中央政府直接行使所有权、全民所有地方政府代理行使所有权的自然资源资产管理体制，为深化生态文明体制改革提供支撑和保障。
坚持国家安全至上原则，事关国家经济安全、国防安全和生态安全的自然资源资产所有权由中央政府直接行使。国家安全是分级行使全民所有自然资源资产所有权改革的前提。对于铀矿等稀有、稀缺矿产资源和重要能源资源在国家经济安全和国防安全中具有的举足轻重地位，应坚持中央政府直接行使所有权，确保维护国家利益和国家安全。对于三江源等重要保护地在保障国家生态安全中不可替代的战略地位，应坚持由中央政府直接行使所有权。对于一般性的国有建设用地等自然资源资产可委托地方政府代理行使所有权。
坚持简政放权原则，充分发挥中央和地方的积极性。对于全民所有的自然资源资产，应积极落实由国务院自然资源管理部门统一行使所有权的职责。对全民所有自然资源资产应充分调动中央与地方两个方面的积极性，按照经济、生态、国防等的重要程度和区域分布特点，实行中央与地方政府分级代理行使所有权职责的模式。重要自然资源资产管理职责由中央政府直接行使，但资产出让、资产增值的收益应上交公共财政，并向地方分成，调动地方政府保护自然资源资产的积极性，推动实现全民所有自然资源资产收益的全民共享。
坚持责权利相统一原则，实现保护事权与财政支出相对等。对于自然资源资产的调查、评价、规划和保护等事权财权，该由中央政府承担的事权应上收，并承担相应的财政支出;该由地方政府承担的事权应下放，并承担相应的财政支出;该由中央政府与地方政府共同承担的事权，依据自然资源资产的受益范围和影响程度，区分中央与地方的事权及财政支出责任和比重。
加快编制分级行使全民所有自然资源资产清单。尤其应明确由中央政府直接行使所有权的自然资源资产清单。第一，军事等事关国家安全的土地应由中央政府直接行使所有权，主要包括设防、海防、空防、通信、火箭军阵地和军队人防工程，以及训练场、交通线等国防用地。这些土地是维护国防安全的核心，由部队行使土地的使用权、中央政府直接行使土地的所有权，对维护国防安全具有重要的战略地位。第二，战略性能源和矿产资源应由中央政府直接行使所有权，主要包括事关国民经济命脉、国家经济安全和社会稳定的资源。这些自然资源在国家经济和政治中具有极其重要的地位和作用，由中央政府直接行使所有权，对保障资源安全具有极其重要的意义。第三，重点国有林区中的林地、森林资源应由中央政府直接行使所有权，主要包括东北及内蒙古国有林区，面积约3.9亿亩。这些区域是我国重要的生态安全屏障和森林资源培育战略基地，由中央政府直接行使所有权，对保障国家生态安全具有不可替代的作用。第四，大江大河大湖和重要跨境河流应由中央政府直接行使所有权，主要包括长江、黄河和松花江等大江大河，黑龙江、鸭绿江和图们江等界河，以及额尔齐斯河、伊犁河和澜沧江—湄公河等跨境河流。由中央政府直接行使所有权，对国家经济社会发展具有重要的支撑作用，而大江大河大湖的用水权，依据地方经济、人口和社会发展等因素由中央进行统一分配。第五，重要生态功能区的自然资源资产应由中央直接行使所有权。生态功能重要的湿地、草原、海域滩涂、珍稀野生动植物物种、部分国家公园等公益性自然资源资产，由中央直接行使所有权，对保护生物多样性具有至关重要的意义。
健全完善自然资源资产收支管理体制。建立全民所有自然资源资产收益共享机制，规范自然资源资产收益征缴管理。国务院自然资源主管部门负责制定资产收益的政策法规、分配方案和激励措施，地方资产管理部门负责全额征收自然资源资产出让、出租等收益，并全额上交国库，坚决杜绝坐收坐支行为，保障全民所有权益不流失，实现全民所有者的合法权益。健全资产收益分配管理体制。全民所有自然资源资产的收益分配既要体现资产的全民所有，也应体现资产分布的特殊性，重点向资源所在地倾斜，调动地方保护的主动性，使其有相应的财政支出用于自然资源资产调查、评价、规划和保护。
建立公益性资产与经营性资产动态分类调整机制。自然资源资产往往同时会兼具公益性和经营性的特征。在不同的经济发展阶段，公益性资产与经营性资产处于动态变化之中，有时会表现出公益性强、经营性弱，有时会表现公益性弱、经营性强。因此，需要依据全民所有自然资源资产在国防、经济和生态等方面的重要性，建立动态分类调整机制。为保证资产归属主体的相对稳定性，不应因为资产属性的调整而变动行使所有权的主体。
