日本食品给人的印象是比较安全，但实际上日本也经历了食品安全频发的时期。1953年，日本的“水俣病”震惊世界，“水俣病”这种因为饮用了被污染的水源而造成死亡和后遗症的公害病影响甚大，有关水俣病的诉讼在50几年后的今天还在进行当中。1955年，日本发生森永砒霜牛奶事件，造成12159人中毒，其中131名死亡。1968年的米糠油事件，中毒人数多达1283名，28名死亡。1960年代是日本经济高速成长时期，在这一时期日本的食品安全法律体系慢慢完善，尤其是1968年制定的《消费者保护基本法》，明确从重视生产者改为重视消费者。
目前在日本，食品安全管理有一个完整的法律体系，与食品有关的法律多达13个。即使如此，日本近些年来仍然发生过不少食品安全事故。尤其以2000年日本雪印乳品公司食物中毒和消费欺诈事件最为突出。通过从这类事故中吸取教训，日本的食品安全法律体系得以不断完善。据悉，自1995年以来，日本政府先后对《食品卫生法》进行了10多次修改。2003年，日本对《食品安全基本法》、《食品卫生法》等法律从立法宗旨到实施内容都做了较大的调整。修改后的《食品安全基本法》特别强调食品业者有义务“从农场到餐桌”的各阶段都采取确保食品安全的措施。在政府以检查和许可方式对食品质量进行监督的同时，食品业者在资材的流通、使用，农产品、食品的加工，进口和流通环节也采取了防止危害发生的措施，并成为自己的责任和自觉自愿的行为。同样，修改后的《食品卫生法》也将立法宗旨从“确保公众卫生”向“保护国民健康”转变，即：将以往“社会防护”的概念向以个人为关注点的“国民健康保护”的方向转变。该法除明确政府部门责任义务外，还重点规定了食品业者的责任，将保证食品原料安全、实施自主检查、建立食品生产记录等义务化。
2002年，日本成立了食品安全委员会。食品安全委员会的设置是为了监督食品安全政策的实施，审议有关食品安全重要政策，在各部门间起到重要的协调作用。该委员会直属内阁，由首相亲自任命，由7位公认“能不受他人左右”的专家组成，均为食品安全方面的权威人士，说话分量非同一般。这一机构的设置也强化了农业从业者自身的责任。它要求农业从业者、地方公共团体要和国家分担责任，在向消费者普及食品安全知识、深化食品安全概念的基础上，广泛搜集国民对食品安全政策的意见，充分发挥食品安全委员会耳目的作用，从而举全国之力建立日本全国食品安全体制。食品安全委员会制定政策的依据是食品安全法案的基本理念。这一理念主要包括三个内容：一是在充分认识保护国民健康重要性的基础上，确保食品安全；二是在食品供应的各个环节采取必要措施；三是采取措施要考虑国际动向和国民意见，要有科学知识做依据。
日本的《消费者保护基本法》明确规定：“消费者有向国家和地方政府要求国家和地方政府完备有助于保护消费者权利的司法和行政系统的权利”。也就是说，如果发生了消费者权益受到侵害的事件，责任首先是在政府而不是在肇事者。这样政府就必须担负起责任，整备有关法律和保护食品安全的行政体制，因为不少情况下消费者自己是无法保护食品安全的，比如产地的作假问题，消费者自己几乎无法判断，这时候消费者就有权要求政府保护他们。如果发生了产地作假事件，在弄虚作假的商人受到惩罚之前，消费者首先追究的是政府的责任，因为政府没有保护他们。为此，近年来，日本食品管理观念也发生较大转变：食品业者被推到管理的前台，使之成为食品安全管理的主角，政府主要负责制定规则，并进行引导和监督。HACCP、GAP、ISO9000、ISO22000、产品履历跟踪监视制度等都是政府从这一角度出发，积极从欧美国家引进的食品安全管理新制度。这些制度各有所长，在农产品食品的生产、加工、销售等各个环节都建立了一套完整的管理体系。特别是这些制度普遍具有的自我约束和相互制约机制，将食品安全管理由表及里渗透到行业的各个环节，实现了以前政府想做却很难做甚至无法做到的事情。例如，出口欧洲的食品必须进行HACCP认证，否则食品就无法进入欧洲市场。如果要获得HACCP认证，就必须符合其具体的管理标准，而且要接受经销商、第三方定期的符合性检查。
产品履历跟踪监视制度是日本政府目前正在大力推广的一项食品安全管理新制度，目的是利用当今发达的信息技术，对每一件产品建立生产、加工、流通所有环节的“履历”，将其产地、农药使用情况、生产者、加工者、销售者等通过电子信息进行记录，一旦出现问题，通过记录就能够迅速找到原因，从而避免鱼目混珠、无从查找的现象出现。例如，从大米的电子标签上可以了解到大米的产地、生产者、使用何种农药和化肥，其农药的使用次数、浓度、使用日期及收割和加工日期等具体的生产和流通过程。这些数据和更为详细的资料还要在因特网上公布，消费者上网就可以查阅详细情况。日本发现疯牛病后，很快就制定了《牛个体识别信息管理及联络特别措施法》。该法规定每头牛从出生起就必须佩戴耳标，耳标上应标明牛的出生时间、地点、种别、母体识别号、农户识别号、喂养饲料及其添加剂等数据；屠宰分解后的每一部分也必须加上识别标签才能销售。
另外，日本高度重视对农用物资特别是农药的管理。2003年修订的《农药取缔法》规定，禁止使用未经登记的农药，在法律上堵住了以往只禁止销售但对农药使用未作任何规定的漏洞。同时，法律还对使用未经登记农药的处罚、回收未登记农药以及农药的标识等作出了明确规定。
需要指出的是，在“3？11”大地震后，日本尤其是东日本食品产业受到沉重打击，食品安全问题凸显。地震、海啸及随后的核泄漏事故给当地产业带来毁灭性的打击。大量农田流失或被海水侵蚀盐化，水产业也面临渔船、渔港、养殖加工等基础设施损毁严重的困境，这又给日本的食品安全提出了巨大的挑战。
