义和团由山东、直隶一带的义和拳、民间秘密结社和练拳习武的组织发展而来。义和团运动又称“庚子事变”，从某种意义上是自19世纪40年代以来中国社会出现的各种矛盾的一次总爆发
运动过程
冀鲁爆发
由于德国在山东的侵略行径，使得山东人民对外国侵略者极为反感。早在1897年就发生了巨野教案，山东巡抚李秉衡因此被贬职。在此之后，山东的民教矛盾有增无减。
1897年，山东冠县飞地梨园屯(今邢台市威县)村民与教堂因历史上的土地纠纷引起冲突。威县梅花拳师赵三多应村民阎书勤等的邀请，前往援助。后赵三多将梅花拳改名为义和拳。
1898年6月，山东巡抚张汝梅上奏朝廷，认为义和拳本属乡团，建议“改拳勇为民团”。并明确说义和拳就是“义和团”，在清朝官员中首次提出了“义和团”的概念。同年10月赵三多等人在冠县飞地蒋家庄(今邢台市威县)竖起“扶清灭洋”的旗帜“起义”，遭清军镇压而失败。
次年(1899年)，山东平原县知县蒋楷镇压义和团，当地义和拳首领李长水请求荏平、高唐等地的义和拳首领朱红灯支援，朱红灯在杠子李庄整齐队伍正式竖起了“天下义和拳兴清灭洋”旗帜。10月11日，蒋楷率领勇役数十人前来镇压，被义和拳打败。这次事件后来被称为“平原起义”。
后来清廷加派袁世敦等人前来镇压，在森罗殿战斗中击败义和拳。其后清军游击马金叙活捉义和拳首领朱红灯、心诚和尚等人。当时的山东巡抚是毓贤，他仇视外国侵略者，对民众反基督教情绪比较同情。他罢免了蒋楷、袁世敦等，对义和拳采取剿抚兼施，以抚为主的措施，有说法指出正是毓贤改拳为团，还向朝廷上奏将民教矛盾的责任归结于教会一方。其态度遭到外国敌视，在列强交涉下毓贤被革去职务。但毓贤对义和拳也进行了镇压，在其离职前下令将朱红灯、心诚和尚、于清水等义和团首领杀害。1899年12月，袁世凯代替毓贤署理山东巡抚。
转入直隶
1899年，袁世凯在济南就任山东巡抚后，对义和团始终持敌对态度，在其任山东巡抚后严格限制义和团的活动，并从1900年6月开始血腥镇压复起的义和团。1900年春，义和团开始向直隶等地转移。清政府严禁义和团，先后派出多批军队参与镇压。
1900年5月12日，涞水县高洛村发生教案，练军分统杨福同前往弹压。5月22日，数千义和团在石亭设伏击毙杨福同，被称为“涞水大捷”。这次戕官事件使清廷大为震惊。
随后的1900年5月27日，直隶中部芦保铁路沿线约3万义和团占据了涿州城，知州龚荫培无计可施，便绝食坐以待毙，这是义和团占据和控制的第一个州城。在此之后，清政府又派出聂士成等参与镇压，与义和团多次交战。但此时直隶地区的义和团运动已呈现出“诛不胜诛”的局面。
列强介入
义和团的迅猛发展，杀害外国传教士使外国联军大为恐慌，他们纷纷要求清政府采取措施消灭义和团。实际掌握政局的慈禧太后多次发布严禁义和团的上谕并组织军队进行围剿。但由于多种原因，一时难以扑灭义和团。在北京北堂(西什库教堂，当时是中国天主教的总堂)主教樊国梁的建议下，列强遂于1900年5月28日提出派出“使馆卫队”进入北京，清政府先是拒绝，后被迫于31日同意，但提出“每馆以二三十人为率”，结果列强先后派出400多人进京，大大超出了清政府的限制。后来外国联军又派遣西摩尔带领2000人前往北京，这些行为对清政府形成了严重威胁。
对此，清政府一面继续发布镇压义和团的命令以消除列强派兵的理由，一面又调集军队进入北京以防不测。对外国人抱有敌意的董福祥所率领的武卫后军(甘军)即在6月9日被调入北京驻守，6月11日，日本书记官杉山彬前去迎接入京的西摩尔联军，在永定门外被甘军所杀。事后，大臣荣禄亲赴日本使馆道歉。
列强向北京强行进军和义和团抵御外国军队，使清廷对义和团的态度开始出现转变。面对列强咄咄逼人的态势，清廷内部主和与主战，主剿与主抚的分歧更加严重。清政府于6月5日派赵舒翘和何乃莹，6月6日派刚毅去涿州“劝散”义和团，实为考察情况。结果刚毅的态度是“力言拳民可恃”，赵舒翘等也赞成采取招抚的措施。再加之载漪等官僚的鼓动，清政府逐渐开始承认义和团为合法组织，这种态度直接导致6月初义和团大量进入北京。从6月10日起，在清朝官员的默许下，义和团开始大量进入北京。在初期，义和团与北京的外国人关系紧张，但并未发生大规模流血事件。6月12日“今晨探报，东华门外教堂起火，不少教民牵而北去。是为义和团入京第一次肇祸也”。(《庚子大事记》)。有论者认为这起事件很可能与克林德擅自拘捕路过使馆区的义和团员有关，北京的局势迅速恶化。
在使馆卫队入京后，以德国公使克林德为首的部分外国外交人员一味使用武力解决问题。克林德带领水手一排行于内城之上，发现有沙地有义和团练习，即毫不迟疑发令开枪，当场打死二十余人(《庚子使馆被围记》)。此后使馆卫队开展了“猎取拳民行动”，多次主动攻击义和团员，这种行为反而使得局面更加失控，愤怒的义和团在北京到处焚烧教堂和屠杀无辜基督教徒，并殃及今前门大街外的大栅栏地区，“京师富商所集也，数百年精华尽矣”。
主和派官员袁昶指责克林德说：“门吏等方与步军统领议弹压京城内外，遵旨严拿首要，以靖地方而弭邻衅。不意德克使闇于事机，擅自拿办拳匪，以致激变”。而克林德本人则在6月20日去总理衙门交涉时与神机营章京恩海相遇，并被后者射杀，酿成著名的“克林德事件”。
对外宣战
在局势紧张的情况下，慈禧太后连续召开御前会议，并最终作出了以武力阻止联军进京的决策，其中重要的一条决策便是对外宣战。清政府对外宣战的原因众说不一，但大多认为慈禧太后的意见起到了决定性的作用。清廷对外开战的决定遭到主和派大臣的激烈反对，但主和派在斗争中失势，五位主和派大臣许景澄、袁昶、徐用仪、立山、联元在其后联军逼近北京时先后被杀。清政府以发布上谕的形式对外“宣战”。此时距大沽口失陷已有四天。
清廷的宣战诏书并未提名向何国宣战，也未将宣战文告递交外国使节，在战争中，清朝与列强始终保持外交关系。故有人认为清廷宣战徒有虚名，只不过是一个动员令而已。
围攻使馆
从克林德被杀之后，在北京的外国使馆便成为攻击的目标。清廷围攻使馆的动机也是一桩争论不休的悬案。当时在北京的清军和义和团对于据守使馆区和西什库教堂的外国军队有压倒性优势，却始终不能攻下。这与清政府的实际决策者慈禧太后有关，她为自己留有余地，不肯全力进攻使馆。
慈禧后来谈起此事说：“依我想起来，还算是有主意的，我本来是执定不同洋人破脸的，中间一段时间，因洋人欺负得太狠了，也不免有些动气。虽是没拦阻他们，但始终总没有叫他们十分尽意的胡闹。火气一过，我也就回转头来，处处都留着余地，我若是真正由他们尽意的闹，难道一个使馆有打不下来的道理?”(《庚子西狩丛谈》)
清军多次停止进攻使馆，还向使馆送去米、面、蔬菜和西瓜等物资。对使馆的围攻一直持续到北京被联军攻陷，解围后法国公使前去西什库教堂看望樊国梁主教，他们“互庆余生，拥抱为礼”。
战争扩大
外国联军不顾清政府的阻拦，正式组建八国联军，由在级别最高的英国军官西摩尔为统帅，美国军官麦卡加拉为副统帅，率军自天津向北京进发，有论者以此为八国联军侵华的标志。但由于沿途铁路许多已被义和团拆毁，再加之义和团与甘军的不断进攻，西摩尔在杨村陷入困境，被迫后撤，又在归途中遭到义和团与聂士成部的攻击，最终败回天津租界。
西摩尔提到此次战斗时说“义和团所用设为西式枪炮，则所率联军必全军覆没”。中国史学家将这次战斗称为“廊坊大捷”。
在廊坊义和团与西摩尔交战同时，列强继续集结兵力，并于6月16日向大沽口炮台中国守军下达最后通牒，要求交出炮台，遭拒绝。次日，距通牒限定的时间还差70分钟，列强的军舰即与守军交火，守军力战不敌，大沽口失陷，守将喀什噶尔提督罗荣光牺牲(也有后来在天津自杀一说)。
天津保卫
在大沽口失陷后，清军和义和团对外国侵略军进行了积极抵抗。义和团首领曹福田与张德成等分别带领义和团进入天津攻击侵略军，直隶总督裕禄以礼相待。义和团在清军帮助下进行了紫竹林之战和老龙头之战。直隶总督裕禄也在奏章中提到义和团的功绩。但同时联军也迅速增强了兵力，日军进攻纪家庄，击败义和团，然后与其它联军夹攻聂士成，聂士成部因寡不敌众而失败。聂士成于八里台殉国。
聂士成牺牲后，马玉昆等清军将领对义和团的态度变化。马玉昆部让拳民充先锋，却在后面枪杀拳民。例如在夜间攻打租界的战斗中“华兵在后，义和团在前，合攻租界;洋兵开排枪御之，天明而止，计轰毙义和团二千余名……拳众持刀前行，洋兵开枪轰击，前列者已死;在后者，官兵即用枪击死。故是夕拳众死者如此之多，并非皆洋兵打死”。后来抵达天津的宋庆也“遇团即杀”。结果是“半日间城内外树旗设坛者皆散去”，大大削弱了自己的力量。而联军却在做好充分准备后对天津发动总攻。经过血战，联军在汉奸的指导下炸开城墙攻入城中，天津失陷。联军设立“天津都统衙门”对天津进行殖民统治。
东南互保
在清廷对外“宣战”之后，部分清朝地方官员抵制朝廷对外开战的决定，与外国达成协议，维持和平局面。其中以湖广总督张之洞与两江总督刘坤一的表现最为积极。在买办官僚盛宣怀的策划下，由上海道余联沅同各国驻上海领事会商，制定《东南保护约款》和《保护上海城厢内外章程》，规定上海租界归各国共同保护，长江各省由各省督抚保护。后来参与东南互保的清朝地方官员不断增多，此后，两广总督李鸿章、山东巡抚袁世凯、浙江巡抚刘树棠等、四川总督奎俊，都对“东南互保”表示支持。闽浙总督许应骙签订《福建互保协定》，实际实行东南互保的省份扩大到东南地区的十余个省份。
清政府对于地方督抚，一方面要求“勿再迟疑观望，迅速筹兵筹饷，力保疆土”，进行备战。一方面却又表示宣战是出于“万不得已之苦衷”，要求“尔沿海沿江各督抚惟当凛遵迭次谕旨，各尽其职之所当为，相机审势，竭力办理”，实际上有默许东南各省督抚“相机审势”的意味。在北京失陷后清政府正式承认了“东南互保”的合法性。
从客观上看，东南互保使东南地区得以免遭侵略军的破坏，对东南地区起到了保护作用。但同时东南互保也使外国侵略军免除了后顾之忧，得以集中力量进攻华北，大大增加了华北地区军民反侵略斗争的压力。因而东南互保在当时就受到了批评。浙江按察使容铨对此上疏道“东南各省督抚，谬托保守大局之名，定约九条，实则为苟且偷安之计”“漠视朝廷，忍欺君父!”也有官员指出李鸿章实行东南互保“纠合十余省督抚，保护外洋商务，使敌国无粮饷匮绝之虞，并力抗我”。
沙俄入侵
沙俄除了派兵参加八国联军入侵华北以外，还派出军队入侵我国东北，从7月开始，沙俄军队分数路大举入侵东北地区，最后攻陷铁岭，东三省沦陷。沙俄还自7月制造了惨绝人寰的海兰泡惨案与江东六十四屯惨案，屠杀大批中国平民。面对沙俄的侵略，中国军民奋勇抵抗，瑷珲副都统、汉军镶黄旗人杨凤翔力战牺牲，黑龙江将军寿山自杀。东北各地人民参加六合拳和忠义军等各种抗俄组织，坚决抵抗侵略军。
京郊阻击
八国联军在受到清军和义和团重大杀伤后，攻占北仓。北仓失陷前，已任巡阅长江水师大臣的李秉衡带兵入京“勤王”，并在与慈禧太后的会面中坚决反对与外国议和。于是慈禧 派其率军抵御联军，河西务，与联军交战，诸军溃败。李秉衡亦在通州张家湾自杀殉国。
北京失陷
8月13日，联军进抵北京城下，1900年8月14日凌晨，八国联军对北京发动总攻，并攻破东直、朝阳、东便、广渠各门进入北京，董福祥的甘军和义和团坚持抵抗，而此时的慈禧见势不妙，遂带领光绪帝、隆裕皇后等与部分王公、太监于15日晨出神武门西逃。联军继续进攻北京，经巷战后于16日攻陷北京。12月10日列强成立管理北京委员会对北京进行统治。北京失陷也标志义和团运动失败。
联军暴行
八国联军攻占北京后兵分数路，向南进犯保定，向西进犯山西，向北进犯张家口和山海关，所到之处烧杀抢掠，在中国犯下了滔天罪行：
屠杀：联军对待中国官员极为凶狠，护理直隶总督廷雍便为联军所杀。而一般百姓更加悲惨，当时有人记载“城破之日，洋兵杀人无算，……但闻枪炮轰击声，妇稚呼救声。街上尸骸枕藉，洋兵驱华人舁而埋之，畚镭既毕，即将舁尸之人尽行击毙，亦埋坑中。……大约禁城之内，百家之中，所全不过十室。今高门大宅，尚有虚无一人而遗尸未敛、蛆出户外者。虽青燐屑、扬州十日记，何以过之!”
英国记者辛普生也记载他目击的情况：“ 法国步兵之前队路遇中国人一团，其内拳匪、兵联军斩杀被俘的义和团丁、平民相与搀杂，匆遽逃生。法国兵以机关枪向之，逼至一不通之小巷，机关枪即轰击于陷阱之中，约击十分钟或十五分钟，直至不留一人而后已”。
抢劫： 联军占领北京之后，曾特 许军队公开抢劫三日。20世纪初有报道称，各国洋兵“俱以捕拿义和团、搜查军械为名，三五成群，身跨洋枪，手持利刃，在各街巷挨户踹门而入。卧房密室，无处不至，翻箱倒柜，无处不搜。凡银钱钟表细软值钱之物，劫掳一空，谓之扰城。稍有拦阻，即被戕害”。传教士也不甘落后，樊国梁主教仅在一处王府家里就抢去财物珍宝约值一百万两银子。
凌辱妇女：“联军尝将其所获妇女，不分良贱老少，尽驱诸裱褙胡同，使列屋而居，作为官妓。其胡同西头，当径设法堵塞，以防逃逸，惟留东头为出入之路，使人监管，任联军人等入内游玩，随意奸宿”。
11月方才抵达北京的八国联军统帅瓦德西承认：“所有中国此次所受毁损及抢劫之损失，其详数将永远不能查出，但为数必极重大无疑”。“又因抢劫时所发生之强奸妇女，残忍行为，随意杀人，无故放火等事，为数极属不少，亦为增加居民痛苦之原因”。
签订辛丑
为了收拾残局，清廷启用庆亲王奕劻及李鸿章与外国谈判。经过谈判，1901年，清廷最终与十一国签订了丧权辱国的《辛丑条约》。
《辛丑条约》内容：
一、清廷派专使为克林德事件向德皇道歉，并在北京为克林德立牌坊。
二、处置“祸首”。主战派大臣有的被处死或赐死，如启秀、徐承煜、赵舒翘、毓贤、载勋等，有的被发配边疆，如载漪、载澜等，有的被解职，如董福祥等，也有的被削去生前的恩典，如李秉衡、徐桐、刚毅等。
三、以那桐为专使大臣，向日本天皇为杉山彬事件道歉。
四、在义和团运动中被损坏或污渎的外国坟墓由各国使馆重新恢复，中国为北京附近的每处坟墓付款一万两银，为外省的每处付五千两银。
五、两年内禁止中国进口军火。
六、赔款白银四亿五千万两。
七、划定使馆区，不准中国人居住。
八、拆毁大沽口炮台。
九、外国可以在北京至山海关之间驻扎军队。
十、清政府保证镇压排外行为。
十一、中国改善水道，以改善对外贸易。
十二、改总理衙门为外务部，位于六部之上。
余部抵抗
慈禧在出走时发布上谕，将战争的责任推到义和团头上，并命令各地清军予以剿杀。义和团迅猛的发展部分得益于清廷的支持，在清廷态度变化后，许多义和团组织迅速消亡。但也有部分义和团坚持抵抗。刘呈祥带领义和团在天津郊区抵抗侵略军，保定义和团首领周老昆率部在山区坚持战斗，义和团首领郭逢春在广昌与侵略军和官军战斗。侵略军在华北的其它许多地区都遭到当地人民的反抗，只得不停分兵前往镇压。
辛丑条约签订前后，广大人民掀起了反抗浪潮。1901年6月，直隶深州、安平等地民众在田燮经领导下，竖起“反清灭洋”的大旗，反抗侵略者和反动卖国的清政府。同年8月祁子刚领导的直隶雄县起义，也高举“反清灭洋”旗帜。1901年，川东义和拳散发揭帖，提出“灭清剿洋兴汉”口号。随后1902年四川红灯教首领李冈中在资阳起义，四川义和团斗争开始高涨。同年4月，爆发景廷宾起义，义和团首领赵三多也参与了起义。景廷宾被推为龙团大元帅，竖起“官逼民反”、“扫清灭洋”两面大旗，歼灭来敌七十余人。起义队伍很快发展到三、四万人，势力遍及冀、鲁、豫三省24个县。7月25日，起义军被镇压，景廷宾被害。
思想意识
爱国思想
义和团具有朴素的爱国思想，对外国的侵略给中国带来的灾难十分痛恨。他们表示：“最恨和约，误国殃民;上行下效，民冤不伸”还有些义和团组织更希望能使国家从屈辱的境地摆脱出来，如当时的红灯照就宣布要以法术“远赴东洋，索还让地并偿二万万之款”。
欧弗莱区在《列强对华财政控制》一文中论证义和团运动时说：“关于它兴起的原因，劳顿引证了义和团领袖于栋成所发布的一个布告，布告写道：‘若辈洋人，借通商与传教以掠夺国人之土地、粮食与衣服，不仅污蔑我们的圣教，尚以鸦片毒害我们，以淫邪污辱我们。自道光以来，夺取我们的土地，骗取我们的金钱;蚕食我们的子女如食物，筑我们的债台如高山;焚烧我们的宫殿，消灭我们的属国;占据上海，蹂躏台湾，强迫开放胶州，而如今又想来瓜分中国。’”
排外思想
与爱国思想相对应，义和团也存在一些排外的思想与举动。这些行为实际上是一个复杂的现象，应当进行实事求是的分析，不能简单化处理。
一是义和团为抵抗清军镇压或外国侵略军的进攻而在部分地区采取的毁铁路拔电杆的行为，这些举动是基于战争形势的需要，并不存在仇视外国科学技术的问题。如涞水之战杨福同被杀后，义和团开始大规模拆毁铁路，根据当时有人的分析，其缘由是“意谓前既拒杀官长，祸必不免，毁路所以阻兵，烧站而死西人，更可图快。”(《拳事杂记》)。过去有人仅凭义和团的宣传“拆铁道，拔线杆 ，紧急毁坏大轮船”就认为这是敌视西方文明的举动，这是不严肃的。
二是部分义和团员基于仇外对西方器物的大规模毁坏，如“团中云，最恶洋货，如洋灯、洋磁杯，见即怒不可遏，必毁而后快。于是闲游市中，见有售洋货者，或紧衣窄袖者，或物仿洋式，或上有洋字者，皆毁物杀人，见洋字洋式而不怒者，惟洋钱而已。”(佚名：《天津一月记》)此外，义和团还杀害了很多无辜卷入的教徒和一些接受西方文化的知识分子，“若纸菸，若小眼镜，甚至洋伞，洋袜，用者辄置极刑”。这些行为遭到后世论者的极大诟病，认为是封建蒙昧主义的体现。
三义和团是一个松散的组织，在一部分义和团不分青红皂白笼统排外的同时，另一部分部分义和团并没有完全排斥西方器物。一些义和团员在实战中意识到洋枪的优点并加以使用，如俄国随军记者扬契维茨基说：“街上到处都是扎着红头巾的义和团，不过，如今现在他们不仅手持长矛大刀，而且有的也拿着步枪了”。还有一些义和团只要形势需要，并不拆毁铁路。如新城某团“其团规不赴调出战，不滥杀教民，不拆铁路，颇守正。”(《拳匪纪略》)又如在保定西关“铁路人人自危，皆错愕不知所为。或献计曰：‘莫如迎师立厂，拳匪顾念同类，或可免意外之虞。’观察不得已从之，立厂于西关永宁寺，迎师教练，诫毋焚杀。铁路诸色人等尽入其中。由是人心始定，拳匪与工役耦居无猜，附省二百余里铁路得以无恙。” (《畿南济变纪略》)。
迷信思想
义和团存在大量的迷信思想，这是由于构成义和团员主体的中国农民在当时缺乏先进的思想武器，只能以落后的迷信思想来解释外国侵略者给中国带来的灾难，当时的义和团普遍认为中国的灾难是遇上了“劫运”。称“劫运到时天地愁，恶人不免善人留”(《庚子大事记》)。而灾难的源头就是洋人：“天无雨，地焦干，全是教堂遮住天”，这种认识对义和团的迅猛发展起到了重要作用。同时，义和团也把抵御外侮的希望寄托在超自然力量上，希望通过迷信仪式达到刀枪不入的效果，如《闭火分砂咒》：“弟子在红尘，闭住枪炮门，枪炮一齐响，沙子两边分”。
宗教迷信观也是义和团进行宣传鼓动的形式，义和团在“请神”时“以降神召众，号令皆神语。传习时，令伏地焚符诵咒，令坚合上下齿，从鼻呼吸，俄而口吐白沫，呼曰神降矣，则跃起操刃而舞，力竭乃止”(《拳变馀闻》)。用“升黄表，焚香烟，请来各等众神仙”的形式吸引群众，因而义和团运动中大量充斥着形形色色的迷信思想。
这些迷信思想在义和团运动的初期起到了一定作用：共同的迷信思想成为联结各个义和团组织的纽带，使义和团在组织松散的状况下仍能坚持斗争。义和团的迷信思想成为维持纪律的工具，据记载，义和团员“其受伤深重而不能复活者，大师兄遍搜其身，或偶携有他物，则曰是爱财，曾抢藏人物，故致死，万不能活矣。故多不敢辄抢”(《乱中日记残稿》)，故在义和团运动的初期，义和团能保持较好的纪律。
迷信思想还起到了鼓舞士气的作用，在八国联军入侵初期，“拳匪信枪弹不伤之妄，遇有战事，竟冲头阵， 联军御以洋枪，死者如风驱草。乃后队存区区之数，尚不畏死，倏忽间亦中弹而倒”(《拳乱纪闻》)。
义和团成员解释：“童子法力小，故多伤亡。年壮者法力不一，故有伤、有不伤。老师师兄则多神术，枪弹炮弹近身则循衣而下，故无伤。”
实际上“临阵以童子为前队，年壮者居中，老师师兄在后督战，见前队倒毙，即反奔。”——《天津一月记》，载《义和团》第2册
当然，迷信思想并不能在先进技术前取胜，故在义和团运动后期，迷信思想在很大程度上失去了作用，部分义和团员曾经高涨的士气衰落，天津六月八日义和团冒雨出战，练军以三炮相助，“洋人果出，仅三人。各执枪向团，团即反奔，途中自相语曰，天雨矣，可以回家种地矣，似此吃苦何益，次日即散去大半”(《天津一月记》)。而义和团运动后期义和团员违法乱纪的行为则更是屡见不鲜。
忠君思想
由于封建思想的毒害，许多群众都有传统的忠君思想，在义和团运动中的“扶清灭洋“口号就是一个表现。不过，这里的“忠君”应该理解为效忠慈禧太后而非光绪皇帝。在义和团的口号中，就有“杀一龙二虎三百羊”，其中的龙就特指光绪皇帝，可见一斑。
正因为如此，义和团也才会得到慈禧的重视，作为宫廷斗争中的重要力量。特别是在清廷对外宣战后，许多义和团员加深了清朝政府的幻想。在警告国闻报的揭帖中，义和团明确宣告“我皇即日复大柄，义和神团是忠臣”。许多义和团员受到顽固派官僚的操纵，有的甚至形同团练。
不过，还有大量义和团组织有一定独立性，甚至不听朝廷号令。在那桐、许景澄奉旨与外国交涉时，走到丰台，为团民所阻，那桐等告以朝命在身，义和团回答说：“吾民知有祖师之命，不必问朝廷之命”。这部分义和团不但不问朝廷之命，有的还公然对抗朝廷官员，如清军副都统庆恒就被义和团所杀。有的义和团组织甚至与清政府决裂，如另立皇帝，“时城东王习村有乡人称帝，设军师、将佐诸目;旋为防营捕送保定，乃一少女子，为拳匪所拥以称乱者。”(《定县志》)这种行为更是公开与清朝作对。
在义和团运动失败后，一些群众认清了清廷的本质，不再对其抱有幻想，转而提出新的“扫清灭洋”口号。
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