战争所带来的灾害
联合国专门为东帝汶地区设立的解委员会，经过长期调查之后所撰写的这份报告指出，印尼军队在入侵和占领东帝汶期间所使用的凝固汽油弹和化学武器极度污染了东帝汶的食物和饮用水资源，这给东帝汶人民的生活留下了诸多后患。
只有少数人员受到惩罚
东帝汶帝力区法庭于2001年12月11日对1999年9月25日东帝汶屠杀事件案作出了最后的宣判，10名印尼的“蒂姆·阿尔法”组织成员以“反人类罪”等罪名分别被判处17到33年有期徒刑。虽然印尼军队在占领东帝汶的24年当中犯下了谋杀强奸等种种罪行，造成那么多东帝汶人死于非命，但最终却只有少数一些印尼士兵遭到惩处，绝大部分人都逃过了应该承受的惩罚。
经过详细的调查听证，审判小组最后认定10名被告中的7人于1999年9月25日在东帝汶劳滕东部地区杀害了两名修女、3名牧师、1名印度尼西亚记者、两名教堂工作人员和1名路人。除此之外，这些“蒂姆·阿尔法”组织成员还犯有在东帝汶全民公决期间焚烧村庄、强迫村民离开、凌辱平民等罪名。
