从成本最低、更有效保护双方合法权益的角度考虑，建议最好是到人民法院去办理调解离婚。
1、登记离婚的性质决定其强制力不如调解离婚。
登记离婚在性质上属于行政确认的范畴，目的是解除当事人之间合法的婚姻关系，经过婚姻登记机关确认的婚姻关系解除的登记具有法定的效力。但是，行政机关的婚姻登记工作不属于行政许可的范围，不会在其对当事人作出离婚登记后，继续对当事人之间因婚姻关系进行行政管理，不具有强制性。因此，在当事人在婚姻登记机关的提交的离婚协议的履行出现纠纷时，当事人需要通过另行提起诉讼来主张自己按离婚协议应享有的权益。
2、离婚协议与一般民事合同不同，更容易引起纠纷。
离婚协议与一般的民事合同不同，首先签订离婚协议中双方当事人只限于合法的夫妻之间。而因夫妻之间关系的特定性，在离婚协议的签订和履行过程中，都有可能引起很多的不确定性。例如，情况一：当事人之间签订合同时是认真的，还是互相因争吵而一时冲动，其实双方都并不真实想履行合同，因此，离婚协议的真实性不如一般民事合同那样容易确定;情况二，夫妻之间签订离婚协议时不一定考虑到公平、平等这些普通民事合同成立所必须的要件，因此，一方很容易在事后反悔，如果法律强制规定离婚协议为生效合同，有强制执行力，势必会引起更多的争议。因此，登记离婚中的离婚协议更容易产生纠纷。实践中，当登记离婚的当事人因一方不履行或不按离婚协议履行相关义务，将另一方起诉到法院，要求法院判决一方履行协议规定的义务的，法院可能会参考离婚协议的相关规定，例如，关于子女抚养权和抚养费的处理，或者离婚协议中对夫妻共同财产和共同债务的确认，但是很少会按照离婚协议的内容作出判决。
3、调解程序是法院审理离婚案件的必经程序，经过法院调解离婚并出具的调解书具有强制执行力。
法院的调解程序分为两种形式，一种是调和，即经过法官主持的调解之后，双方和好，撤销诉讼，不再要求离婚的情况，调解和好的情况法院不需要出调解书;另一种是调离，是指在法官的主持下，双方就离婚的意愿、财产和债务的分配，子女抚养权的归属均达成一致意见，法院根据双方对离婚问题达成的协议的内容，出具调解书。另外，需要注意调解书生效的时间与调解书签收的时间不一定相一致，双方当事人在调解协议上签名或盖章后生效，再经过法院确认，记入笔录或者将协议附在卷中，并由当事人、审判人员、书记员签名或盖章后既具有法律效力，此时，当事人是否签收调解书不影响调解协议的效力，该调解书与判决书有相同的法律效力，也是证明当事人婚姻关系解除的凭证。调解书不能上诉，当事人应当按照调解书的约定履行相应的义务，如果一方不按照约定履行义务，另一方可以请求法院根据调解书的内容强制执行。
4、两种方式离婚所需要的费用和时间相差不多。
协议离婚和调解离婚两种方式办理的费用和时间都差不多，甚至通过法院更经济，因为法院出具的裁判文书可以作为房产、车辆等财产的过户依据，而离婚协议一般还需要经过公证手续，费时费力费钱。一般通过法院协议离婚费用为150元人民币，一星期内可以办理完毕。另外，夫妻双方的户口均不在北京的情况下，到法院办理的话，可以避免两人再回到外地办理，省时间省精力省费用。
因此，这两种协议离婚的方式相比较的话，一方面，在婚姻登记机关办理的离婚的登记效力不如通过法院的调解程序作出的离婚裁定的效力高，而对于夫妻双方存在着比较大标的财产分割的情况下，显然适合到人民法院办理可以更好的防范财产风险。另一方面，通过调解程序解决离婚诉讼可以弱化当事人双方的矛盾，减少后续纠纷产生的可能性，同时可以节约司法资源。
