夫妻共同财产被法院查封的情况下财产分配协议还是有效的，只不过，由于共有财产处于法院查封的状态，财产分配协议是没有办法执行的，双方得等到人民法院解封了共同财产之后，在按照财产分配协议处置夫妻共同财产，而且只能处置法院查封之后剩下的这部分共同财产，如果双方私自处理被人民法院所查封的财产，就有可能涉嫌刑事犯罪。刑法中规定：隐藏、转移、变卖、故意毁损已被司法机关查封、扣押、冻结的财产，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者罚金。
根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》(法释[2004]15号)第二十九条第一款规定“人民法院冻结被执行人的银行存款及其他资金的期限不得超过六个月，查封、扣押动产的期限不得超过一年，查封不动产、冻结其他财产权的期限不得超过二年。法律、司法解释另有规定的除外。”。根据这一规定，银行账户(存款)的冻结期限只有六个月、动产查扣期限为一年、一般财产的查封冻结期限为二年。
二、协议无效的情形
《中华人民共和国合同法》第五十二条规定，有下列情形之一的合同无效：
(一)一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益的;
(二)恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益的;
(三)以合法形式掩盖非法目的;
(四)损害社会公共利益;
(五)违反法律、行政法规的强制性规定。
第五十四条规定，下列合同，当事人一方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销：
(一)因重大误解订立的;
(二)在订立合同时显失公平的。
三、协议离婚的程序
1、当事人申请。离婚登记按地域进行管辖。当事人协议离婚的，应到一方户口所在地的婚姻登记管理机关申请离婚登记。
由于离婚是一种重要的身份法律行为，因此，当事人离婚，必须双方亲自到婚姻登记管理机关申请离婚登记，不得委托他人代为办理。申请时应持双方的结婚证、户口簿、居民身份证等证件和证明，以及离婚协议书。离婚协议书应当写明双方当事人的离婚意思表示以及关于子女抚养、夫妻一方生活困难的经济帮助、财产分割及债务处理等协议事项，并由双方当事人签字或者盖章。
2、婚姻登记管理机关审查。婚姻登记管理机关应对当事人的离婚申请进行审查，查明当事人所携带的证明和证件是否齐全，当事人是否符合登记离婚的诸项条件。婚姻登记管理机关如查明仅为夫妻一方要求离婚，或者夫妻双方虽然都同意离婚，但在子女和财产等问题上未达成协议的，婚姻登记机关不予受理。
3、离婚登记和发给离婚证。婚姻登记管理机关自受理离婚申请之日起1个月内，对符合离婚条件的，应当予以登记，发给离婚证，注销结婚证。离婚证是婚姻关系已经合法解除的具有法律效力的文件。当事人从取得离婚证之日起，解除婚姻关系。
经过审查，对不符合法定条件而不予登记的，婚姻登记管理机关应当以书面形式说明不予登记的理由。
实际上在财产都已经被法院查封了的情况下没有必要着急去拟定财产分配协议，就算有财产分配协议，民众也不能私自处理已经被司法机关查封的财产，因为这种行为是违法犯罪的。有些情况下，查封的这些夫妻共同财产可能还不够偿还共同债务，写财产分配协议是多此一举。
延伸阅读：
新婚姻法离婚财产分配原则
关于老人遗产共同财产分配问题？
一方同意离婚财产分配会进行吗？
