要的。
需要进行公证的协议内容在公证处一定是要有备案的，不仅是协议本身，包括公证协议时涉及到的协议双方的身份证明以及公证过程中为了支持公证的合法、公平、公正而必须取得的公证的证据，也都要作为公证处的工作底稿进行存档备案的。只有通过合同备案流程进行的备案才具有法律效力，无论是购房合同还是劳动合同在备案的过程中都有一定的流程，通过流程进行的备案在法律上具有最强的效力，通过备案制度也使得合同在履行过程中对双方都有了一定的约束。
《最高人民法院关审理离婚案件处理子女抚养问题的意见》
第十六条
一方要求变更子女抚养权，有下列条件之一的，人民法院应予支持： 1.与子女共同生活的一方因患严重疾病或因伤残无力继续抚养子女的。 2.与子女一同生活的一方不尽抚养义务或有虐待行为的或其与子女共同生活对子女身心健康有不利影响的。 3.十周岁以上未成年子女，愿随另一方生活的。 4.有其它正当理由需要变更的。
延伸阅读：
遗嘱公证后公证处留一份吗？
在公证处变更抚养权要什么证件？
入职合同自己要留一份吗
