一、宅基地房屋的继承发证机关如何确定?
宅基地房屋的继承发证机关是之前办理房产证的机构，城市房屋的继承，不需要考虑继承人的身份，其房屋产权和所对应的国有土地使用权一并归继承人所有。而农村宅基地房屋的继承则需要考虑继承人的身份问题，因为我国法律规定农村宅基地使用权的主体具有特定性即必须是该农村集体经济组织成员。
根据《国土资源部关于进一步加快宅基地和集体建设用地确权登记发证有关问题的通知》等相关规定可知，如果继承人是本集体经济组织成员，符合宅基地申请条件的，可以经批准后取得被继承房屋的宅基地使用权;不符合申请条件的，则可以将房屋卖给本村其他符合申请条件的村民。如果不愿出卖，则该房屋不得翻建、改建、扩建，待处于不可居住状态时，宅基地由集体经济组织收回。继承人是非本集体经济组织成员或非农户口的，比照上述不符合宅基地申请条件的情形处理。根据以上规定可知，对于农村宅基地房屋，根据继承人身份的不同可以分为以下三种类别分别处理：
(一)继承人是城市居民
城市居民只能继承农村宅基地上的房屋，而对于房屋所对应的宅基地使用权是不可以作为遗产继承的。当城市居民继承了农村宅基地上的房屋之后，可以居住使用，但不得翻建、改建、扩建。
(二)继承人是本村村民且具备宅基地申请条件
此时继承人可以依法取得被继承房屋的所有权及其宅基地使用权。这里所说的具备宅基地申请条件是指符合以下条件之一：1)因国家或集体建设、移民、灾毁等需要迁建、重建的;2)实施城市、村庄和集镇规划或旧村改造，需要调整拆迁的;3)现有宅基地面积尚未达到本办法规定限额标准需重建、扩建的;4)已具备分户条件且原有宅基地面积尚未达到本办法规定限额标准需重建、扩建的;5)经县人民政府批准，农村集体经济组织引进或招聘的专业技术人员，确需在农村安家落户的;6)离休、退休、退职的职工，复员军人和华侨、侨眷、港澳台同胞持合法证明回原籍定居的。如果继承人属于以上某种情形，就可以同时取得农村宅基地使用权和房屋产权。(这一段还是灰色)
(三)继承人是其他村村民，或本村村民不符合宅基地申请条件的。
此时该继承人与城市居民身份一样，只能继承农村宅基地上的房屋，不能取得宅基地使用权，也不能翻建、改建、扩建房屋。
二、农村宅基地继承纠纷怎么处理?
1、从宅基地使用权的外部关系来看，其是一项特殊的用益物权，是特殊的财产，不应作为遗产继承
在大陆法系物权体系上，宅基地使用权归属用益物权。一般而言，用益物权具有财产的性质，应允许流转、继承。但宅基地使用权是特殊的用益物权，是一项“特殊的财产”，其特殊性表现为：第一，宅基地使用权的取得具有无偿性。从我国现有的法律规定来看，农民取得宅基地使用权除交纳数量极少的税费外，无需交纳其他费用，原则上是无偿取得。第二，宅基地使用权具有人身依附性。根据土地管理法的规定，宅基地使用权与集体经济组织的成员资格密切相关，一经设定即具有极强的人身依附性，禁止流转。第三，宅基地使用权在功能上具有福利性。宅基地使用权为保障农民“居者有其房”而设立，具有社会保障职能。
宅基地使用权的特性决定了它是一项不适于继承的“特殊财产”：基于取得上的无偿性，如允许其继承，将使继承人无端受益，有违公平理念;人身依附性决定了它必须因具有集体经济组织成员资格而取得、因集体经济组织成员资格的消灭而消灭，不产生在不同主体之间的流转(继承)问题;而福利性质决定了如果允许继承，将导致宅基地无限扩大。因此，土地管理法规定村民一户只能拥有一处宅基地。
2、从宅基地使用权的内部关系来看，属于家庭共同共有，不是被继承人的个人财产，不能作为遗产继承
共同共有以共同关系的存在为前提，因共同关系的产生而产生，因共同关系的消灭而消灭。在共同关系存续期间，各共有人之间不产生份额问题，对共有财产的全部享有平等的权利，承担平等的义务，不得请求分割共有物。根据学者通说，我国目前主要在以下场合成立共同共有：一是因夫妻关系的存在而产生的夫妻之间的共同共有;二是因家庭关系的存在而产生的家庭共有;三是因遗产未分割而产生的继承人之间的共同共有。
只有农村的自然人在死亡之后才会涉及宅基地房屋的继承的问题，继承之后，需要办理房产证的变更手续，由于节约司法资源，此时只能向之前受理死亡之前的民事主体办理请求的机构提出办理房产证的请求，对于其他的机构是没有权利受理。
