二者虽然都有“卖淫”的内容，但它们的区别是明显的：
1、二者侵害的客体不完全相同。强迫卖淫罪侵害的客体是复杂客体，即既侵犯了社会道德风尚，同时又侵犯了公民的人身权利;而组织卖淫罪侵犯的是单一客体，即社会道德风尚。
2、客观方面不同。强迫卖淫罪的犯罪客观方面表现为强迫没有卖淫意愿者去卖淫;组织卖淫罪的客观表现则是把自愿卖淫者组织起来进行卖淫。假如行为人以暴力、胁迫等方法组织他人卖淫，此属于想象竞合犯，应按照处理想象竞合犯的原则处理，即从一重罪处断。鉴于强迫卖淫罪与组织卖淫罪的法定刑完全相同，故对行为人之行为仍可以强迫卖淫罪定罪处罚。
二、强奸与通奸怎样区分
把强奸同通奸加以区别。要注意的是：
(1)有的妇女与人通奸，一旦翻脸，关系恶化，或者事情暴露后，怕丢面子，或者为推卸责任、嫁祸于人等情况，把通奸说成强奸的，不能定为强奸罪。
在办案中，对于所谓半推半就的问题，要对双方平时的关系如何，性行为是在什么环境和情况下发生的，事情发生后女方的态度怎样，又在什么情况下告发等等事实和情节，认真审查清楚，作全面的分析，不是确系违背妇女意志的，一般不宜按强奸罪论处。如果确系违背妇女意志的，以强奸罪惩处。
(2)第一次性行为违背妇女的意志，但事后并未告发，后来女方又多次自愿与该男子发生性行为的，一般不宜以强奸罪论处。
(3)犯罪分子强奸妇女后，对被害妇女实施精神上的威胁，迫使其继续忍辱屈从的，应以强奸罪论处。
(4)男女双方先是通奸，后来女方不愿继续通奸，而男方纠缠不休，并以暴力或以败坏名誉等进行胁迫，强行与女方发生性行为的，以强奸罪论处。
办理强奸案件要严格分清哪些罪与非罪、此罪与彼罪的界限，把强奸同未婚男女在恋爱过程中自愿发生的不正当性行为加以区别。
卖淫一般分为自愿和非自愿，如果是自愿，可能涉及到组织卖淫罪，如果非自愿，可能涉嫌强迫卖淫罪，所以其实两罪还是存在本质的区别的，虽然在犯罪过程都存在卖淫的行为。
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