巨额财产来源不明罪后来查明合法可以通过再审程序来进行一定的改判的，非法所得的数额
国家工作人员的合法收入是计算非法所得的基础。国家工作人员的合法收入，应当包括国家工作人员的工资、奖金、国家发放的各种补贴、本人的其他劳动收入、亲友的馈赠和依法继承的财产。非法所得数额应以国家工作人员的财产或者支出与其合法收入的差额部分计算。计算非法所得时，应将合法收入部分扣除，只计算差额部分。如果行为人能够说明财产的来源是合法的，并经查证属实的，应作为本人的合法收入;如果行为人不能说明财产的来源是合法的，则应减去其合法收入的差额部分，即视为非法所得，其行为构成巨额财产来源不明罪。
与贪污罪受贿罪的界限
巨额财产来源不明罪与贪污罪和受贿罪有着密切的联系，很多巨额财产来源不明就是没有被查明证实的贪污罪和受贿罪。但巨额财产来源不明罪作为一个独立的罪名有着自己的犯罪构成。首先，贪污罪和受贿罪的犯罪主体的范围要比巨额财产来源不明罪大一些，除国家机关工作人员，还包括国有公司、企业、事业单位其他经手管理公共财产的人员和其他依法从事公务的人员。在犯罪的客观方面，巨额财产来源不明罪只要求行为人拥有超过合法收入的巨额财产，而且行为人不能说明、司法机关又不能查明其来源的即可。也就是说，行为人拥有的来源不明的巨额财产既可能是来自于贪污、受贿，也可能是来自于走私、贩毒、盗窃、诈骗等等行为，这些都不影响构成巨额财产来源不明罪。
与无罪推定原则相悖
巨额财产来源不明罪与无罪推定原则明显的相悖，这就是两个不同的立法观念但是却同时出现在中国的法律体系中。无罪推定原则的主旨是：对法院未被判决的任何人都是无罪的，都不得受到不公正的待遇。早在1764年，意大利的法学家贝卡利亚就在其代表作《论犯罪与刑罚》中说：“在法官判决之前一个人是不能被称为犯罪的，只要还不能断定他已经侵犯了给予他公共保护的契约，社会是不能取消对他的公共保护的。”就从这里可以看出巨额财产来源不明罪是从有罪推定的角度上来说的，把一个无罪的公民放在一个被法律审查的地位上，公民的人权和人格受到了严重的破坏。因此，在这里我仅以一个学者的身份对这条法律条文提出质疑，希望司法部还有社会大众能够多方位的思考。
二、立案标准
刑法第395条第一款规定：“国家工作人员的财产或者支出明显超过合法收入;差额巨大的，可以责令说明来源。本人不能说明其来源是合法的，差额部分以非法所得论，处5年以下有期徒刑或者拘役，财产的差额部分予以追缴。”根据最高人民检察院《关于人民检察院直接受理立案侦查案件立案标准的规定(试行)》的有关规定，涉嫌巨额财产来源不明，数额在30万元以上的，应予立案。
在我们日常生活当中很多的犯罪行为，他在当时认定的时候可能没有存在着一些错误，或者说当时没有认定出来，但是后续的话确实发现原来的案件的判决结果存在着一些问题，所以这个时候可以通过再审的程序来推翻原来的判决书。
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