笔迹鉴定对方不同意可以要求鉴定人员到庭进行质证，也可以重新提出鉴定的申请，在没有相反证据推翻该鉴定的情况下，并且该鉴定也合法，那么司法鉴定应当作为案件的其中证据。诉讼当事人一方不同意司法鉴定意见的，可以要求鉴定人员到庭接受质证，也可以向法院提出重要鉴定申请。在庭审中，可以通过对鉴定人员的质证，以确定该鉴定是否合法、鉴定意见是否正确，从而达到推翻该鉴定意见的目的。如果是直接向法庭申请重新鉴定的，需要向法院说明原鉴定意见错误的证据或理由，最后需要法院审查后来决定是否需要重新委托鉴定。笔迹鉴定被告方无权拒绝，原告申请字迹鉴定，被告拒绝配合，这种情况下，法官应该认定原告对这份证据的主张成立。
当事人申请鉴定经人民法院同意后，由双方当事人协商确定有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人员，协商不成的，由人民法院指定。当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民法院应予准许：
2、鉴定程序严重违法的;
3、鉴定结论明显依据不足的;
4、经过质证认定不能作为证据使用的其他情形。
一方当事人自行委托有关部门作出的鉴定结论，另一方当事人有证据足以反驳并申请重新鉴定的，人民法院应予准许。
对笔迹鉴定的申请由谁提出，应当根据具体案情的不同而分配。当原告所提供证据达到了证明借贷关系成立或证明了借条系被告所书，完成了举证责任时，被告如否认是其签字则由被告申请作笔迹鉴定;当原告本身不能完成证明责任时，则首先应当由原告自己申请作笔迹鉴定，从而完成自己的证明责任。只有在原告完成了借条是被告所签的举证责任后，被告抗辩时，举证责任才依法发生转移，由被告对抗辩事实进行举证，这是对“谁主张、谁举证”原则的正确理解。
综上所述，在民事合同纠纷中，经常需要对合同签字进行鉴定，等笔迹鉴定书下达后，有一方不认可的，当事人可以请鉴定人员出庭，阐述笔迹鉴定真实有效。如果笔迹鉴定结论经过法院调查有问题的，当事人可以去重新鉴定。
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