存疑不起诉申请国家赔偿成功率是很高的，因为检察机关作出的存疑不起诉的决定，实质上是对犯罪嫌疑人进行刑事侦 查，无法证明犯罪嫌疑人有犯罪事实而作出的最终确认。作出存疑不起诉决定，是没有证据证明嫌疑人有犯罪事实而作出的无罪结论。从法律意义上来讲不能证明有罪或者没有充分证据证明有罪，不符合起诉条件的，不能认为有罪，就是无罪。无罪就应当赔偿。
根据刑事诉讼法第140条第四款规定作出的不起诉决定，应视为对案件作出了无罪的决定。检察机关在批捕时，即使便有部分不可以证明有罪的证据，但如果在起诉时仅凭这些证据，仍不能证明犯罪嫌疑人有罪，并作出不起诉决定的，在法律上不能认定有罪，应按无罪处理。对没有犯罪事实的人采取了拘留逮捕等强制措施，就是侵害了公民的人身自由权利，根据国家赔偿法的规定，国家应当给予赔偿。
检察院同意不起诉的案件，当事人申请国家赔偿，应当依法启动国家赔偿程序。检察机关的不起诉可分为三种情形，
一犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪或依法不应追究刑事责任的，不起诉成为绝对不起诉或法定不起诉。
二依法不需要判处刑罚或免除刑法的不起诉，成为相对不起诉或酌定不起诉。
三证据不足，不符合起诉条件的不起诉成为存疑不起诉或一案不起诉。
根据修订后的《国家赔偿法》第17条第(2)项规定，这种因证据不足决定不起诉案件，属于对公民采取逮捕措施后，决定不起诉终止追究刑事责任的情形，国家应当给予赔偿。
1.检察机关作出的存疑不起诉的决定，实质上是对犯罪嫌疑人进行刑事侦查，无法证明犯罪嫌疑人有犯罪事实而作出的最终确认。
2.作出存疑不起诉决定，是没有证据证明嫌疑人有犯罪事实而作出的无罪结论。
3.从法律意义上来讲不能证明有罪或者没有充分证据证明有罪，不符合起诉条件的，不能认为有罪，就是无罪。无罪就应当赔偿。
4.《国家赔偿法》规定的免责情形与存疑不起诉的情形，两者不能相提并论。存疑是指未查清事实，缺少证据;而免责情情形的前提是事实清楚，证据确实，只是由于情节轻微、危害不大，所以才不认为是犯罪，这种情形是不需要国家赔偿的。
从根本上讲，虽然证据不足不等于没有犯罪事实，但根据无罪推定原则，无法提起公诉的，只能认定是无罪。既然是无罪，那就必须国家赔偿。
综上所述，有部分的嫌疑人在检察机关的调查中发现是有可能存在犯罪的，但是无奈检察院机关最后也没能找到确实的证据用来证明，根据法定的原则只能最后认为该公民是不存在罪名进行处罚的，此时的释放行为已经证实了无罪而前期的关押都是一种侵害。
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