存疑不起诉的不会有案底，存疑不起诉说明行为人并未被法院定罪，也就是无罪之人，自然没有案底的。存疑不起诉的情形是：
(1)据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的;
(2)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的;
(3)据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的;
(4)根据证据得出的结论具有其他可能性的。
存疑不起诉可以申请国家赔偿。存疑不起诉说明检察院是在案件事实不清，证据不足的情况下在才决定不起诉的，在这种情况下，之前被羁押的人员是无罪的，其当然可以请求国家赔偿。
《中华人民共和国国家赔偿法》
第十五条 行使侦查、检察、审判、监狱管理职权的机关及其工作人员在行使职权时有下列侵犯人身权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：
(一)对没有犯罪事实或者没有事实证明有犯罪重大嫌疑的人错误拘留的;
(二)对没有犯罪事实的人错误逮捕的;
(三)依照审判监督程序再审改判无罪，原判刑罚已经执行的;
(四)以殴打等暴力行为或者唆使他人以殴打等暴力行为造成公民身体伤害或者死亡的;
(五)违法使用武器、警械造成公民身体伤害或者死亡的。
发现新定罪证据的还可以起诉，“有法可依，有法必依，执法必严，违法必究”是我国法制的基本原则。《刑法》第四条也规定：“对任何人犯罪，在适用法律上一律平等。不允许任何人有超越法律的权利。”控诉犯罪，保护人民，保障国家安全和社会公共安全，维护社会秩序，是公安、检察机关的基本职责。公安、检察机关作为控诉犯罪的专门机关，理所当然有权力、也有责任在发现新证据，足以追究犯罪嫌疑人刑事责任的情况下，向法院提起公诉。
其实，少部分法律意识比较薄弱的这些公民，会觉得刑事拘、留逮捕等这些强制性措施都会记录在个人的档案当中，实际上，如果最终的结果是存疑不起诉的话，不仅不会有案底，就之前刑事拘留的措施，还可以申请国家赔偿。
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