一、存疑不起诉三年了还可以提起诉讼吗？
是可以的；存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，作出的不起诉决定。《人民检察院刑事诉讼规则》第405条规定，人民检察院根据刑事诉讼法第171条第四款规定决定不起诉的，在发现新的证据，符合起诉条件的，可以提起公诉。
二、存疑不起诉诉讼时效是多少年?
存疑不起诉不存在诉讼时效的问题。因为存疑不起诉也就意味着自己不会再承担相应的罪名，就没有诉讼时效这一个概念说法了。
我国刑事诉讼法第一百四十条规定，人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。这就意味着对公安机关或检察院侦查部门移送起诉的案件，检察机关经过审查认为证据不足，不符合起诉条件，拟作出不起诉决定前，必须退回公安机关或检察院侦查部门补充侦查。只有将案件退回补充侦查后，仍认为证据不足，不符合起诉条件，经院检察委员会讨论决定，才能作出不起诉决定。笔者认为，作出存疑不起诉决定前设置退回补充侦查的前置程序不妥。其理由是：
第一，不符合现代诉讼原理。退回补充侦查的目的是试图通过在立法上强制设立退回补充侦查的手段，对拟存疑不起诉的案件进一步收集有罪证据，尽可能对移送起诉的犯罪嫌疑人定罪起诉，避免或减少存疑不起诉决定的作出。体现了“疑罪从有”、“疑罪从挂”的思想。这不符合现代刑事诉讼原理，也不利于保障犯罪嫌疑人的合法权益。
第二，不符合诉讼时效原则。诉讼时效原则要求刑事诉讼程序的设置要尽可能简便。减少诉讼程序，提高诉讼效率，可以降低司法资源的耗费，也可以使刑事诉讼中的犯罪嫌疑人、被告人早日摆脱或减少诉累。对拟作出不起诉决定前，没有必要设置退回补充侦查的前置程序，应由承办案件的主诉检察官根据案件的实际情况，作出是否退回补充侦查的决定。
第三，有的案件没有退回补充侦查的必要。
一是有的案件在移送起诉时就已经可以确定定案证据不足，而且明显无新的证据可查，特别是在证据已经灭失、证人死亡或去向不明等情况下，退回补充侦查也无济于事。司法实践中就有部分退回补充侦查的案件并没有补充到任何新的证据，这种情况下的退回补充侦查是徒劳无益的。
二是退回补充侦查的目的可以通过自行补充侦查得以实现。检察机关可以自行开展补充侦查，达到退回补充侦查同样的效果;而且，检察机关自行补充侦查还更具有针对性，还可能取得比退回补充侦查更好的效果，有利于准确作出存疑不起诉决定。
第四，已有足够的监督制约程序保障存疑不起诉案件的质量。存疑不起诉案件作出决定前要退回补充侦查，其目的是保障存疑不起诉案件的质量，防止轻易作出决定，放纵真正的犯罪分子。但是，刑事诉讼法已经设置了相对较全的程序保障存疑不起诉案件的质量。
一是存疑不起诉决定的作出要经过检察院内部最高决策机构——检察委员会集体讨论决定;
二是对公安机关移送起诉的案件，存疑不起诉决定还要接受同级公安机关的制约，公安机关认为检察机关不起诉决定有错误，可以要求复议或复核。
三是设有提起公诉的救济程序，检察机关在作出存疑不起诉决定后，如果发现案件有新的证据，符合起诉条件的，还可以对存疑不起诉的被不起诉人提起公诉，可以避免打击不力。 综上所述，笔者认为，对证据不足，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任不符合起诉条件的案件，在审查起诉期间无法查证属实的，不必都要退回补充侦查才作出存疑不起诉决定。
