采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述和采用暴力、威胁等非法方法收集的证人证言、被害人陈述，应当予以排除。收集物证、书证不符合法定程序，可能严重影响司法公正的，应当予以补正或者作出合理解释;不能补正或者作出合理解释的，对该证据应当予以排除。
在侦查、审查起诉、审判时发现有应当排除的证据的，应当依法予以排除，不得作为起诉意见、起诉决定和判决的依据。
人民检察院接到报案、控告、举报或者发现侦查人员以非法方法收集证据的，应当进行调查核实。对于确有以非法方法收集证据情形的，应当提出纠正意见;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
具体而言，侦查阶段的非法证据排除规则的适用程序主要体现在以下几个方面：
第一，以法律条文的形式确定了非法证据排除规则。《刑事诉讼法》第56条中规定了在侦查、审查起诉、审判时发现有应当排除的证据的，应当依法予以排除，不得作为起诉意见、起诉决定和判决的依据。
第二，赋予了辩护人在侦查阶段的权利和地位。《刑事诉讼法》赋予了辩护人在侦查阶段的地位，保障了犯罪嫌疑人从侦查阶段开始就能够确立律师保障其诉权。
第三，讯问过程中需要录音录像。《刑事诉讼法》规定了对于可能判处无期徒刑、死刑的案件或者其他重大犯罪案件要录音录像;对于其他案件，侦查机关可以录音或者录像，也可以不录音或者录像。并且一旦录音、录像的话就要保证全程的完整。
根据相关的法律规定，如果确定是以非法的方式来收集证据的话，应该要提出纠正的意见，要求对方进行补正或者是作出合法的解释，否则会依法进行排除，如果有构成犯罪行为的话，还会被依法追究刑事责任，证据在进行收集的时候，必须要符合法定的程序。
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