存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，作出的不起诉决定。《人民检察院刑事诉讼规则》第405条规定，人民检察院根据刑事诉讼法第171条第四款规定决定不起诉的，在发现新的证据，符合起诉条件的，可以提起公诉。这是检察机关对存疑不起诉案件保留公诉权的行为规范。
二、能否再提起公诉
有人认为，检察机关作出对存疑不起诉案件发现新证据后可提起公诉的规定，一方面突破了《刑事诉讼法》的规定，因为该法并未规定存疑不起诉后发现新证据可以再行起诉;另一方面，该规定对保障犯罪嫌疑人的合法权益极为不利。这种不利表现为：对于存疑不诉的被不起诉人，社会上对其会有“不清不白”的评价，罪与非罪悬而未决，社会各方面的排斥和冷遇时时可遇，日常活动很难开展。同时，由于高检院对何时发现新证据可再行起诉未作限制性规定，对未发现新证据的人，其直到死还会有案件挂着。因此，一些学者建议取消存疑不诉后再可起诉的规定。
“有法可依，有法必依，执法必严，违法必究”是我国法制的基本原则。《刑法》第四条也规定：“对任何人犯罪，在适用法律上一律平等。不允许任何人有超越法律的特权。”控诉犯罪，保护人民，保障国家安全和社会公共安全，维护社会主义社会秩序，是公安、检察机关的基本职责。公安、检察机关作为控诉犯罪的专门机关，理所当然有权力、也有责任在发现新证据，足以追究犯罪嫌疑人刑事责任的情况下，向法院提起公诉。
对于存疑不起诉情况的适用，应当结合实际处理，特别是对于不同的犯罪事实，可以按照不同的司法审理程序来进行处理，对于盗窃罪的认定上，还需要对存疑不起诉的情况进行处理，但如果后期对犯罪事实可以进行认定的，可以立即批捕处理。
