根据《刑事诉讼法》第168条的规定，人民检察院审查案件的时候，必须查明以下内容：
事实清楚
证据是否确实、充分，犯罪性质和罪名的认定是否正确。查明犯罪事实、情节，是正确定罪量刑的前提，查明证据是否确实、充分，是正确定罪量刑的依据和基础。
在查明犯罪事实和取得确实、充分证据的基础上，应当对犯罪的性质和罪名的认定是否恰当进行鉴别。犯罪的性质与罪名互相联系，密不可分，如果只认定了犯罪性质，而不认定具体的罪名，性质也难以定准。因为在同一性质的犯罪中，法律又规定了若干罪名。可见，审查犯罪性质与审查具体的罪名，应当同时进行。
其他责任
人民检察院追诉犯罪应当客观、全面，因此，在审查起诉时要注意审查有无遗漏犯罪嫌疑人的罪行和其他应当追究刑事责任的人。要查清案件的全部犯罪事实，就必须查清犯罪嫌疑人的全部罪行，对共同犯罪案件要查获所有实施犯罪的人。例如，在审查盗窃、诈骗、走私案件时，要注意追查销赃犯和包庇、窝藏犯，对于已构成窝赃、销赃罪的，也应对窝赃、销赃者一并提起公诉;在审查未成年人犯罪案件时，要注意审查有无教唆犯;审查个人犯罪案件时要注意发现团伙犯罪活动;审查团伙犯罪时更应注意审查有无漏诉其他犯罪成员。对此，最高人民法院、最高人民检察院、公安部于1984年6月15日在《关于当前办理集团犯罪案件中具体应用法律的若干问题的解答》中指出：办理共同犯罪案件特别是集团犯罪案件，除对其中已逃跑的成员可以另案处理外，一定要把全案事实查清，然后对应当追究刑事责任的同案人，全案起诉，全案判处。切不要全案事实还没有查清，就急于杀掉首要分子或主犯，或者把案件拆散，分开处理。这样做，不仅可能造成定罪不准，量刑失当，而且会造成死无对证，很容易漏掉同案成员的罪行，甚至漏掉罪犯，难以做到依法“从重从快、一网打尽”。在共同犯罪案件中，还应审查共同犯罪嫌疑人在共同犯罪活动中责任的认定是否恰当。
是否追责
保障无罪的人不受刑事追究是人民检察院的职责之一，因此，人民检察院在审查案件时，必须查明犯罪嫌疑人有无不应追究刑事责任的情形，《刑事诉讼法》第十五条对不应追究刑事责任的情形作了明确的规定。
附带诉讼
《刑事诉讼法》第77条规定：被害人由于被告人的犯罪行为而遭受物质损失的，在刑事诉讼过程中，有权提起附带民事诉讼。刑事附带民事诉讼制度，对于全面追究被告人的刑事责任和民事责任，保护国家、集体利益和公民的合法权益，具有十分重要的意义。为此，人民检察院在审查起诉时，首先要审查犯罪嫌疑人的犯罪行为是否给被害人造成了经济损失;被害人是否提起了附带民事诉讼。已提起的，要保护被害人的这项权利，没有提起的，应主动告知被害人有权提起。其次，还要查明国家、集体财产是否因犯罪而遭受损失，如果造成了损失，人民检察院可以在提起公诉时一并提起附带民事诉讼。
侦查合法
人民检察院审查起诉的过程，也是对侦查工作进行法律监督的过程。因此，人民检察院对案件进行审查时，要注意审查侦查人员的侦查活动是否符合法定程序，法律手续是否完备，特别要查明在讯问犯罪嫌疑人和询问证人的过程中是否有刑讯逼供和以威胁、引诱、欺骗以及其他非法方法收集证据的情况。一旦发现侦查活动中有违反法律的行为时，应当及时提出纠正意见。构成犯罪的，应依法追究刑事责任。
在司法实践中，人民检察院在审查起诉过程中，还应当注意审查以下内容：(1)案件是否属于本院管辖。按照《刑事诉讼法》关于管辖的规定，对于不属于自己管辖的案件，就不能提起公诉，而应该将案件移送有管辖权的检察机关审查起诉。(2)证据是否随案移送;不宜移送证据的清单、照片或者其他证明文件是否随案移送。人民检察院审查案件，决定是否起诉，需要确实充分的证据，因此，侦查机关或侦查部门移送案件时，应当将案件的所有证据一并移送，对不宜移送的证据，要附有不宜移送的证据的清单、照片或者其他证明文件。(3)与犯罪有关的财物及其孳息是否扣押、冻结并妥善保管，以供核查。对被害人合法财产的返还和对违禁品或者不宜长期保存的物品的处理是否妥当，移送的证明文件是否完备，等等。
一般来说，对于审查起诉进行延长是因为案件过于复杂，公安机关提交的相关证据以及综卷过多。或者是涉及到国家重要案件，不得进行出错以及防止出现冤假错案情况产生的案件，检察院都可以向上级部门进行申请延长审查起诉期限。防止出现错误。
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