一、刑法单位犯罪机关犯罪怎样处罚?
刑法第31条规定：“单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。本法分则和其他法律另有规定的，依照规定。”所以，对单位犯罪，原则上实行双罚制，即同时处罚犯罪的单位和该单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员。但是，如果刑法分则或者其他法律(特别刑法)另有规定不采取双罚制而采取单罚制的，则属于例外情况。这是因为，单位犯罪的情况具有复杂性，其社会危害程度差别很大，一律采取双罚制的原则并不能准确全面地体现罪责刑相适应原则和对单位犯罪起到足以警戒的作用
二、单位犯罪的特征
3、单位犯罪必须由刑法分则或分则性条文明确规定。对单位犯罪的处罚原则：我国刑法对单位犯罪的处罚以双罚制(即对单位和单位直接责任人员均处以刑罚)为主，以单罚制(即只处罚单位直接责任人员)为辅。
4、单位故意犯罪的集体意志，在很大程度上是通过决策主体体现出来的。判断犯罪行为是否体现了单位的集体意志，需要看犯罪行为是否经单位负责人决定，否则，无法形成一个单位的犯意。但是，也不能简单的认为，负责人做出了的决定，就可以认定为单位犯罪的意志，这是要具体分析的。
三、诉讼程序
单位犯罪的诉讼程序，就是指司法机关依法追究公司、企业、事业单位、机关、团体实施的危害社会行为的刑事责任的特殊诉讼程序。
我国刑法明确规定“公司、企业、事业单位、机关、团体实施的危害社会的行为，法律规定为单位犯罪的，应当负刑事责任。”“单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。”由此可见，我国刑法对单位犯罪采取“双罚制”，即在追究单位刑事责任的同时，也要追究其负责的主管人员和其他直接责任人员的刑事责任，由于单位犯罪与自然人犯罪的特点有许多地方相异，这就决定了在追究单位犯罪的案件中，对单位诉讼参与人要采取特殊的诉讼方式。
单位犯罪能否成为犯罪主体的争论随着有关法律的明确规定而形成统一观点，单位能够成为犯罪主体，同样也能够参与刑事诉讼，单位犯罪不同于自然人犯罪，因此确定单位犯罪案件中的诉讼主体，有利于实现对单位犯罪的惩罚。
由于单位犯罪一般实行双罚制，即对单位处以财产刑的同时，对有关责任人员也要处以人身刑，因此在实践中通常做法是将单位犯罪案件的被告人分为法人被告人和自然人被告人。一个法人被告人可能同时有数个自然人被告人，如有法定代表人、有关主管人员或直接责任人员，是单位犯罪案件中的共同被告人。单位作为刑事被告人参加诉讼，由它的法定代表人参加刑事诉讼，法定代表人的职责，既包括代表单位行使实体权利也包括代表单位行使诉讼权利，法定代表人以单位的名义进行活动，视为单位的行为。法定代表人有权代表单位行使辩护权，申请回避，申请审判长对证人、鉴定人发问或经审判长许可直接发问和最后陈述以及上诉、申诉等。同时也应履行单位被告人的诉讼义务。他代表法人进行诉讼活动的结果，由法人承担。
但是当法定代表人在单位犯罪案件中同时也是直接责任人被追究刑事责任时，则具有双重身份，有违辩护的规则，所以笔者对单位犯罪案件被告人主体主张只列法人单位为被告人，而将法定代表人或其他直接责任人员从属于单位被告人的身份参加单位犯罪的诉讼活动，以平衡单位犯罪的刑事诉讼程序。 [6]
综上所述，被确实认定为单位犯罪的，我国法律的处罚原则上为双罚制，也就是不光对犯案单位进行处罚，还要对该单位的直接负责人进行处罚，但是因为单位犯罪的具体细节比较复杂所以具体怎样处罚依据案情的实际情况而定而不可一概而论。
延伸阅读：
主体为单位犯罪是双罚制吗
单位犯罪的主体包括哪些？
