小产权房买卖合同纠纷主要是围绕着合同有效还是无效而展开，根据合同法相关规定，合同的有效需要满足当事人意思表示真实，且不存在违反法律效力的强制性规定，所以对于小产权房买卖合同也应当满足这样的要求。
小产权房买卖合同纠纷的有效与无效主要围绕着合同当事人的身份而区分，因为小产权房的土地基础不同于城市商品房土地性质，所以根据相关土地法律规定，小产权房只得在本村集体经济组织成员中流转，超出这一范围的，合同将面临无效。
这样的法律规定其实是有其立法目的的，即为了保护村集体经济组织土地使用权能够在本村集体经济组织成员中长久使用，也为了防止其他外来人员对土地做不正当的处置。所以对于外地人想购买本地小产权房的需要三思而行，因为一旦出现相关纠纷，这种小产权房的买卖合同很可能便被认定为无效合同。
当然现实生活中，小产权房在本村集体经济组织成员中进行买卖还是比较多的，虽然不能获得国家认可的不动产权属登记，但是可以安心居住的。对于在继承等方面也是可以合法继承的，只是继承以后进行相关转让会遇到一个不动产登记的法律问题，所以小产权房最好还是买来居住，这样面临的纠纷就会少许多。
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