合同无效的确认之诉不适用诉讼时效制度，这是毫无争议的，因为确认合同无效，是昭示法律对合同效力的评价，不属于请求权行使的范畴，故不受诉讼时效制度的限制。但基于合同无效所发生的返还财产请求权是否适用诉讼时效，目前理论界主要有两种观点：
(1)不适用诉讼时效说。该说认为，合同无效或被撤销后，基于合同发生的债权债务关系归于消灭的同时，原来基于合同所发生的物权变动也丧失其存在的基础，则必然发生物权变动的回转，故合同无效产生的财产返还请求权系物上返还请求权。因物上返还请求权与物权不可分离，既然物权不适用诉讼时效，则物上返还请求权亦不能适用诉讼时效。
(2)适用诉讼时效说。该说认为，合同无效产生的财产返还请求权属于请求权的一种，而诉讼时效适用的对象即为请求权，故返还财产请求权也适用诉讼时效。
无效合同导致的财产返还请求权是否适用诉讼时效，首先要解决清楚该请求权的性质。无效合同返还请求权性质上应归属于不当得利返还请求权，而非物上返还请求权。理由有二：
其一，物上返还请求权的返还财物对象仅限于原物及原物所产生的孳息，返还的目的是使物的所有人恢复其对原物的占有，回复所有权的圆满。而不当得利返还请求权返还目的是将受益人所获得的不应当获得的利益，全部返还受损害的当事人，其返还的不限于原物及孳息，还包括原物的价金、使用原物所取得的利益或其他利益。结合司法实践中常出现的具体情形，例如排他性特许经营合同签订后，经营一方擅自将经营权转租，其转租行为无效，则转租方与受让方存在的返还义务除该经营权外，还应包括因此转租行为所产生的经营利润等。因此合同无效后的财产返还请求权不限于返还原物。
其二，由于物上请求权必须是返还原物，则必以原物之存在为前提，如果原物已经灭失，所有权人只能要求赔偿损失。而不当得利返还请求权则不受此限制，不管原物是否存在，只要受益人获得不应当获得的利益，就负有返还责任，即使原物灭失，也可以转化为货币形式进行返还。且实践中常常存在因合同无效双方当事人互负返还义务的情形，尤其是在双方互负的均是金钱义务的情况下，差额返还似乎更能满足当事人的要求。此时，必然返还的不是原物，而是价金的差额。
综上，将合同无效导致的财产返还请求权定位于不当得利请求权更为妥当。基于不当得利返还请求权属债权请求权，故合同无效导致的财产返还请求权当然适用于诉讼时效。
关于无效合同财产返还请求权的诉讼时效起算问题，目前司法实务中主要有以下四种观点：
(1)合同未被确认无效时，并不发生财产返还问题，只有合同被确认无效后，返还义务由此产生，因此，应从合同被确认无效之日起计算诉讼时效。但自合同履行期限届满之日起超过20年，当事人一方提出诉讼时效抗辩的，法院不予支持。
(2)一方依据无效合同而占有对方财产是非法的，因非法占有处于继续状态，因此权利人可随时要求对方返还，故返还财产请求权的时效应从一方要求返还而对方拒绝之日起算。
(3)合同无效系自始无效，交付财产时合同即已无效，对方接受财产缺乏法律依据，故返还财产请求权的时效应从无效合同订立之日起算。
(4)当事人在签订合同后未被确认无效的情况下，既然当事人不知道或不应当知道合同无效，其合理的预期是合同有效，双方按合同约定期限履行。在合同约定的履行期限届满后，其虽然不行使合同无效产生的请求权，但其应行使合同有效情形的请求权，如不行使任何请求权，只能说明其怠于行使权利。因此，应以双方当事人合理预期的合同有效情况下的履行期届满日作为返还请求权诉讼时效的起算点。
上述四种观点都有所偏颇。无效合同财产返还请求权的诉讼时效起算比较复杂，不同的案件往往存在不同的情况，故不宜“一刀切”地以某一个时间点作为标准，应当区别不同的具体情况而确定不同的起算标准。结合民法通则第一百三十七条“诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算”的规定，根据权利人知道或应当知道权利被侵害的时间不同，对诉讼时效的起算可作如下区分：
第一，权利人明知合同无效而故意签订并履行合同的，如明显损害国家或第三人利益等法律明确禁止的交易行为。在合同签订时，权利人应当知晓其行为的法律后果，明知合同无效而履行合同的，从规制此类违法行为的角度出发，此类绝对无效合同的财产返还请求权的行使，在诉讼时效上应严格限制，其起算点应从合同签订时计算。
第二，合同签订时，权利人并不知道合同存在无效情形而作有效合同履行的，如权利人不知道对方缺乏有效的合同履行资质的情形。此时财产返还请求权的诉讼时效应从合同被确认无效时开始计算。但如果义务人能够举证证明在合同被确认无效之前权利人就已经知道或应当知道该合同无效的，则诉讼时效则从权利人要求返还之次日计算。
第三，合同约定了履行期限，且双方相互履行完毕已多年的无效合同，其返还财产请求权应当作为一个特例加以时效的限制。我国现行法对确认合同无效之诉没有时效限制，即使时隔多年，当事人就确认无效合同提起诉讼，法院也得受理并予以确认。在此情况下，若将返还财产请求权的诉讼时效自合同被确认无效时才开始计算，则势必会推翻已经形成多年的社会关系和经济秩序，使法律关系长期处于不稳定状态，这违背了诉讼时效制度的宗旨，其结果将会使法院投入大量精力去查明各种经济因素来确定返还财产的价值及损失数额，从而造成资源的浪费，同时也会在一定程度上纵容当事人恶意诉讼。因此，对于已经履行完毕多年的无效合同，权利人请求返还财产的诉讼时效应自该合同履行完毕之日起计算诉讼时效。
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