主要区别在于主体不同以及将会方式不同，指示交付是动产由第三人占有时，出让人将其对于第三人的返还请求权让与受让人，以代替交付。民法理论将交付区分为现实交付和观念交付。所谓现实交付又称直接交付，仅指一方将物的占有移转给另一方的事实。这是通常意义的交付。需要注意的是，现实交付也可借手他人实现。如甲委托乙将书交给丙，同样是现实交付。
二、指示交付的条件
指示交付的成立须具备两个条件：
1、当事人须有转让所有权的合同;
2、让与人应当将所有权转让的事实通知标的物的实际占有人。
三、向第三人履行的债务违约规定
由第三人履行债务的合同是指除法律法规规定或合同约定必须由合同当事人履行债务的情况外，根据合同自治(自愿)和保护债权人利益的原则，在不损害债权人利益和不增加债权人合同履行成本的情况下，可以由第三人代替债务人向债权人履行债务。第三人可以是个人、法人或其他经济组织。此类合同：
1.不发生债务转移。虽然合同双方约定由第三人代为履行合同，但并不表示合同双方当事人之间的债权债务关系发生了改变，债务不因此而转移给第三人;
2.合同当事人经过协商一致同意由第三人代替债务人履行合同义务，特别要征得债权人的同意;
3.在这类合同中第三人只是合同的履行主体，而不是合同当事人;
4.第三人不承担违约责任。债务人的债务虽然由第三人代为履行，但在出现违约情况时，债务人并不因第三人的存在而免除违反合同时应承担的违约责任。这是因为虽然有第三人出现在合同中，但其并非合同当事人，不直接与债权人发生合同法律关系，因此也就不享有合同中规定的权利或承担合同中规定的义务。所以发生违约情况时，债权人只能追究债务人的违约责任。
综上所述，第三人代为履行与指示交付在交付主体、交付方式等方面都有所不同，当双方存在交付处理的相关事项时，应当严格按照规定的程序来进行处理，但双方可以约定交付的方式。
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