第一，主体不同。在间接代理合同中，法律对代理人的主体资格没有特别的限制规定，只要是具有相应的民事行为能力的人，即可以成为代理人。而在行纪合同中，行纪人的主体资格受到限制，根据法律规定，只有经批准有权从事行纪业务的自然人、法人或相关组织才可以成为行纪人。
第二，是否可以行使介入权、选择权不同。在间接代理中，如果第三人在订立合同时知道受托人与委托人之间的代理关系，则合同直接约束受托人和第三人。而如果第三人在订立合同时不知道委托人与受托人之间的代理关系，根据法律规定，如果受托人因第三人的原因对委托人不履行义务，受托人应当向委托人披露第三人，委托人此时可以行使介入权，主张受托人对第三人的权利。当受托人因委托人的原因对第三人不履行义务，受托人应向第三人披露委托人，第三人可以行使选择权，选择受托人或者委托人作为相对人主张其权利。
因此，在签订合同时，如果第三人不知道受托人与委托人之间的代理关系，则可以通过受托人的披露而使得委托人行使介入权，第三人行使选择权。而行纪关系由两个独立的法律关系组成，合同应当分别履行。行纪人与第三人订立合同的，行纪人对该合同直接享有权利，承担义务。第三人不履行义务导致委托人的利益受损害，行纪人应该承担损害赔偿责任，而第三人即使知道委托人是谁，也不能越过行纪人而直接与委托人发生法律关系。
第三，定性不同。行纪合同是有偿的，行纪人都是专门从事行纪业务的经纪人，其所从事的业务一般仅为商事活动。而在间接代理中，代理人没有主体资格的限制，其代理的范围不仅包括商事或外贸代理，而且包括一般的民事活动，既可能是有偿的也可能是无偿的。
《中华人民共和国民法典》
第九百五十一条 行纪合同是行纪人以自己的名义为委托人从事贸易活动，委托人支付报酬的合同。
行纪合同是属于合同中的一种类别，因此行纪合同和间接代理合同是属于两种不同的类型的合同。虽然两种合同有共同点都是为委托人进行办理事项，但是两者的差异也是非常大的，行纪合同是有偿合同，而间接代理合同可以是有偿可以是无偿。
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