(一）、主体不同。在间接代理合同中，法律对代理人的主体资格没有特别的限制规定，只要是具有相应的民事行为能力的人，即可以成为代理人。而在行纪合同中，行纪人的主体资格受到限制，根据法律规定，只有经批准有权从事行纪业务的自然人、法人或相关组织才可以成为行纪人。
（二）、是否可以行使介入权、选择权不同。在间接代理中，如果第三人在订立合同时知道受托人与委托人之间的代理关系，则合同直接约束受托人和第三人。而如果第三人在订立合同时不知道委托人与受托人之间的代理关系，根据法律规定，如果受托人因第三人的原因对委托人不履行义务，受托人应当向委托人披露第三人，委托人此时可以行使介入权，主张受托人对第三人的权利。当受托人因委托人的原因对第三人不履行义务，受托人应向第三人披露委托人，第三人可以行使选择权，选择受托人或者委托人作为相对人主张其权利。
因此，在签订合同时，如果第三人不知道受托人与委托人之间的代理关系，则可以通过受托人的披露而使得委托人行使介入权，第三人行使选择权。而行纪关系由两个独立的法律关系组成，合同应当分别履行。行纪人与第三人订立合同的，行纪人对该合同直接享有权利，承担义务。第三人不履行义务导致委托人的利益受损害，行纪人应该承担损害赔偿责任，而第三人即使知道委托人是谁，也不能越过行纪人而直接与委托人发生法律关系。
（三）、定性不同。行纪合同是有偿的，行纪人都是专门从事行纪业务的经纪人，其所从事的业务一般仅为商事活动。而在间接代理中，代理人没有主体资格的限制，其代理的范围不仅包括商事或外贸代理，而且包括一般的民事活动，既可能是有偿的也可能是无偿的。
在第三人不知道代理关系的情况下，发生了因为委托人的原因而使行纪人不能履行对第三人的合同义务的，或者受托人因委托人的原因而对第三人不履行义务的，如果受托人向委托人披露第三人，或者受托人向第三人披露委托人，则合同法第四百零三条所规定的委托人的介入权和第三人的选择权可否准用于行纪合同中的委托人和第三人有人认为，这将发生间接代理与行纪的竞合，委托人或第三人可以在间接代理和行纪之间进行选择。这种看法有一定的道理，但在法律上对此种选择是有一定的限制的。为了防止因为委托人的原因造成行纪人不能履行义务，合同法单独设立了一些对行纪人予以保护的规定。
间接合同和行纪合同有联系也有区别，行纪合同必须是有偿的，间接代理可以是无偿的也可以是有偿的，行纪合同的直接责任人是行纪人，出现损失，行纪人需要向委托人进行经济的赔偿，间接代理，代理人披露被代理人以后，相对人可以选择第三人进行追责。
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