第一，办理事务的范围不同。在我国行纪业务主要包括办理购销货物、寄售商品和有价证券的买卖等业务，行纪行为属于动产和有价证券买卖等商事行为。居间的业务范围较广，除法律禁止交易的事项以及国家管理的未允许放开市场经营的重要生产资料和部分生活资料以外，均可以进行居间服务。关于婚姻中介，婚姻关系不能简单地理解为一种合同关系，因而婚姻介绍不属于居间的业务范围，应由相应的法律法规进行调整。
第二，合同的标的不同。所谓标的即合同的权利，义务所指向的对象。行纪合同中行纪人为委托人提供的服务不是一般的劳务，而是行纪人与第三人发生法律关系，为一定的法律行为，该法律行为的实施是委托人与行纪人订立行纪合同的目的所在，故行纪合同的标的是行纪人为委托人进行一定的法律行为。居间合同的标的是居间人为委托人进行一定的事实行为，居间人为委托人提供特定的劳务即报告订约机会或提供订立合同的媒介服务，居间人所办理的事务本身并不具有法律意义，而行纪合同中行纪人受托的事务是法律行为，这正是行纪合同与居间合同本质上的区别。
第三，与第三人的关系不同。由上述本质区别必须引申出二类合同中行纪人与第三人的关系、居间人与第三人的关系，两种关系上存在着很大的差别。《民法典》第958条规定“行纪人与第三人订立合同的，行纪人对该合同直接享有权利、承担义务。”，行纪人与第三人的合同关系相对于行纪合同本身来说是外部法律关系，根据合同的相对性规则，行纪人与第三人的合同关系只能发生在特定的合同当事人之间，即发生在行纪人和第三人之间，尽管行纪人与第三人之间的法律关系所生的权利义务最终归属于委托人，行纪人与第三人订立合同也应充分考虑委托人的利益，但是委托人对行纪人和第三人之间的合同无权干涉，行纪人对合同直接享有权利和承担义务。在第三人不履行与行纪人的合同中所约定的义务时，该义务的不履行所带来的不利后果应由行纪人承受，如行纪人不能对此不利后果及时弥补而最终给委托人带来损害的，委托人有权依据与行纪人之间的合同向行纪人主张损害赔偿责任，当然行纪人与委托人另有约定的除外。
居间合同中，无论是报告居间还是媒介居间，居间人并不参与委托人与第三人的合同关系，其在交易中仅是一个中介人，既不为交易的当事人一方或其代理人，也不直接参与交易双方的谈判，在决定交易双方的权利义务内容上并不体现居间人的意见，合同的权利义务在委托人与第三人之间设定、产生，居间人没有将处理事务的后果移交给委托人和向委托人汇报所为行为的始末经过的义务。但民法典第962条规定了“中介人应当就有关订立合同的事项向委托人如实报告。”，居间人违反该义务，故意提供虚假情况，致使委托人利益受到损害的应承担损害赔偿责任。
第四，“介入”不同。行纪人在一定条件下有介入权，居间人在特定情形下承担介入义务。民法典规定了行纪人的介入权，即行纪人接受委托买卖有市场定价的商品时，除委托人有反对的意思表示外，行纪人自己可以作为出卖人或买受人的权利。行纪人的介入权是法律规定的结果，是一种形成权，使委托人和行纪人之间产生了买卖合同，从缔约程序的角度讲可以认为委托人的委托就是要约，行纪人的自行交易就是承诺。一般情况下为保障行纪人为委托人的利益活动行纪人不得自行交易即介入。委托人的自行交易需要一定的条件：首先行纪合同合法存在，其次行纪人卖出或者买入的商品采用市场定价，再次委托人没有不允许自行交易的意思表示。
在这样的条件下行纪人的自行交易不会损害委托人的利益，同样实现了委托人的经济目的，达到了效益最优化。在媒介居间中如果委托人一方或双方指定居间人不得将其姓名、商号、名称告知对方，居间人根据诚实信用原则有保密义务，由此居间人产生为委托人隐名的义务，这种居间称为隐名居间。在隐名居间这种情形下，对于委托人依据与相对人的合同应承担的义务，在一定条件下由居间人以履行辅助人的身份负履行义务，并领受对方当事人所为的给付。因此，只有在保护隐名委托人利益的前提下才有居间人的介入义务，而不存在居间人基于特定情形主张介入的权利。
行纪合同指的是行纪人接受委托人的委托，用自己的名义来和第三方进行交易，委托人需要向行纪人支付约定搞得报酬的合同，居间合同指的是居间人根据委托人的要求来为委托人和第三人签订合同提供机会，或者是进行介绍。
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