(一)办理事务的范围不同。在我国行纪业务主要包括办理购销货物、寄售商品和有价证券的买卖等业务，行纪行为属于动产和有价证券买卖等商事行为。居间的业务范围较广，除法律禁止交易的事项以及国家管理的未允许放开市场经营的重要生产资料和部分生活资料以外，均可以进行居间服务。关于婚姻中介，婚姻关系不能简单地理解为一种合同关系，因而婚姻介绍不属于居间的业务范围，应由相应的法律法规进行调整。
(二)合同的标的不同。所谓标的即合同的权利，义务所指向的对象。行纪合同中行纪人为委托人提供的服务不是一般的劳务，而是行纪人与第三人发生法律关系，为一定的法律行为，该法律行为的实施是委托人与行纪人订立行纪合同的目的所在，故行纪合同的标的是行纪人为委托人进行一定的法律行为。居间合同的标的是居间人为委托人进行一定的事实行为，居间人为委托人提供特定的劳务即报告订约机会或提供订立合同的媒介服务，居间人所办理的事务本身并不具有法律意义，而行纪合同中行纪人受托的事务是法律行为，这正是行纪合同与居间合同本质上的区别。
(三)与第三人的关系不同。行纪人与第三人的合同关系相对于行纪合同本身来说是外部法律关系，根据合同的相对性规则，行纪人与第三人的合同关系只能发生在特定的合同当事人之间，即发生在行纪人和第三人之间。居间合同中，无论是指示居间还是媒介居间，居间人并不参与委托人与第三人的合同关系，其在交易中仅是一个中介人，既不为交易的当事人一方或其代理人，也不直接参与交易双方的谈判，在决定交易双方的权利义务内容上并不体现居间人的意见，合同的权利义务在委托人与第三人之间设定、产生。
行纪合同一般指的是行纪人用自己的名义来委托人处理委托的事项，并且委托人需要向行纪人支付报酬，并且行纪人需要妥善的保管被委托物。而居间合同主要是为委托人提供媒介服务，本身是不具有法律意义的。
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