会处理的，但是需要当事人向法院递交起诉状。合伙协议纠纷，只是属于民事案件当中的一个案由，任何一个民事案件诉讼到法院，法院都要经过开庭审理，法官会根据双方提交的证据，以及案件的具体情况来进行判决。
合伙协议纠纷只是一个案由，法院都是根据证据和案件事实来判决的，无法根据一个按由来判决。如果根据一个案由判决，那么同一个案由的案件就会出现同一个结果，对当事人是有失公平和公正的。所以说，如果诉讼之前，最好组织好相应的证据。
对个人合伙关系的认定，法院注重审查各方是否存在合伙协议及协议约定的具体内容。不存在合伙协议或各方对协议成立、效力有较大争议的，则要注意审查双方在实际经营中是否存在利润分配方案、合伙事务管理方案及相应记录材料。
合伙合同纠纷造成一方当事人损失的，一般是按合同的约定赔偿损失，如果合同没有约定的，按实际造成的损失赔偿。
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，在履行义务或者采取补救措施后，对方还有其他损失的，应当赔偿损失。
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，造成对方损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益;但是，不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。
此外，还须债务人无免责事由。如果债务人履行不符合债务本旨，是由于不可抗力所致，则债务人并不负不完全履行的责任。此外，如果当事人对不完全履行存有有效的约定的免责条款，也可以不负不完全履行的责任。
合伙合同纠纷涉及违法项目，法院会处理的，合伙合同纠纷造成一方当事人存在财产损失的，应该按照合同中约定的条款，赔偿损失，如果合同中没有约定，可以按照实际损失赔偿给对方。当事人一方不履行合同义务，造成对方损失的，不仅要承担赔偿责任，还需要承担违约责任。
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