总公司签订劳动合同,分公司缴纳社保这样合法。当然，为了保证统一，最好和分公司签订劳动合同。分公司只是在经营范围和资格上存在限制，但其并没有限制不能雇佣劳动者，因此，分公司与劳动者签订的劳动合同只要符合合同有效的条件(双方意思表示真实，主体合格，不违反法律禁止性规定和社会公共利益)就是有效合同。也即分公司可以与劳动者签订劳动合同。分公司享有和承担劳动法上的用人单位的全部权利与义务。
二、分公司的法律特征是什么?
1、分公司是由总公司依法设立的，分公司的主要业务活动完全由总公司决定，分公司一般是以总公司的名义并根据它的委托来进行业务活动的。
2、分公司没有自己独立的财产，分公司的所有资产全部属于总公司。分公司与总公司在经济是统一核算，其实际占有和使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表中。
3、分公司不是公司，它的设立不须依照公司设立程序，只要在履行简单地登记和营业手续后即可成立。
4、分公司不独立承担民事责任，没有董事会等形式的公司经营决策和业务执行机关，总公司要对分公司的债务负无限责任。
5、分公司没有自己独立的名称和章程，而只能使用与总公司同样的名称和章程。
分公司的经营行为作为总公司的经营活动的具体体现形式，其对外签订合同，本身就是一种代表行为，除相对人知道或者应当知道其超越权限订立合同以外，其对外签订的合同即使超越总公司的授权范围，那也是总公司与分公司内部之间的约定，无法对抗相对人与分公司对外签订的合同。合同既然合法有效，那么总公司就应当承担相应的补充清偿责任。
总公司对于分公司对外签订合同所引起的民事责任的承担实际上是一种补充清偿的责任，一旦分公司对外债务难以清偿，总公司就应当承担所剩余债务清偿的责任。实务中，我们一般的做法是将分公司以及总公司列为共同被告，要求分公司承担相应的法律责任，同时要求总公司承担分公司债务不能清偿后的补充清偿责任。
综上所述，职工在分公司工作，一般都是由分公司支付劳动报酬，缴纳社保公积金，如果分公司不符合用人资格，签订劳动合同就应该同总公司，由于分公司是总公司的分支机构，这种做法不违反法律规定。当然，为避免不必要纠纷，尽量保证签合同和缴纳社保统一。
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