可以的，注册资本与投资总额不一样没关系，是正常现象，不需要做特殊处理。
1、注册资本是为设立法人企业在登记管理机构登记的资本总额，应为投资各方交付或认缴的出资额之和。而投资总额是指按照企业章程规定的生产规模需要投入的基本建设资金和生产流动资金的总和。
2、企业的注册资本是指为设立企业而在工商行政管理机关登记的资本总额，为投资方认缴的出资总额之和。注册资本是投资者对本企业承担风险和分享利润的依据。企业的投资总额，是指按照企业合同、章程规定的生产规模需要投入的基本建设资金和生产流动资金的总和。投资总额中除注册资本之外，还包括借入资金。
注册资本和实际投资总额是两个概念，一般作为注册资本的资金投入是作为投资总额资金来源的一个部分，即自有资金，投资总额资金的来源还可以是企业初期贷款所获得的资金。一般情况下投资总额大于注册资本，二者相等也是可能的。
二、注册资本的最低限额：
除法律、行政法规以及国务院决定对公司注册资本最低限额另有规定的外，取消了有限责任公司最低注册资本3万元、一人有限责任公司最低注册资本10万元、股份有限公司最低注册资本500万元的限制;不再限制公司设立时股东(发起人)的首次出资比例;不再限制股东(发起人)的货币出资比例。
注册资本与注册资金的概念有很大差异。
1)注册资金所反映的是企业经营管理权;注册资本则反映的是公司法人财产权，所有的股东投入的资本一律不得抽回，由公司行使财产权。
2)注册资金是企业实有资产的总和，注册资本是出资人实缴的出资额的总和。
3)注册资金随时因资金的增减而增减，即当企业实有资金比注册资金增加或减少20%以上时，要进行变更登记。而注册资本非经法定程序，不得随意增减。
综合上面所说的，注册资本是属于起步公司的第一步资金，但如果注册资本小于投资总额的话，合法的情况下一般不会承担法律的责任，如果有其它违法的行为而做出了小于投资总额那么就是不合法的，所以，不同的情况要作不同的处理。
