公司法人保护自己的办法有：在股东协议、合资合同和章程中增加相关免责条款;依法按照法律、行政法规和公司章程的规定从事经营活动;对于违反法律、行政法规或者公司章程的行为，应提出明确拒绝并记载。关于公司法人如何保护自己，我国有一些相关法律规定。首先我们需要清楚，公司法定代表人代表公司履职的行为，由公司承担责任，但是，法定代表人如果违反法律法规和公司章程的规定仍然可能承担相应的民事、行政或刑事责任。
因此，如果公司的损失是由于法定代表人违反法律、行政法规或公司章程的规定而造成的，即使法定代表人是执行公司职务的行为，在公司对外承担相关责任后，公司也有权就其损失要求法定代表人予以赔偿。
公司法人是企业的一种组织形式。以营利为目的的社团法人。在资本主义国家中也称为商事公司，是依照商法或有关法律成立的营利为目的的企业组织，包括无限公司、有限公司、两合公司、股份公司以及股份两合公司等。英美法中的公司法人与大陆法有所不同，既包括营利性的也包括非营利性的，且仅指有限责任公司。我国目前的公司形式多样，大体上分为集资型和非集资型两种。集资型公司类似西方国家的公司，是由股东投资而成立，为企业联营的一种重要形式，非集资型公司属单一企业性质，如鞍山钢铁公司等。
需要明确的是，公司法人不同于公司的负责人，公司法人一般只有在涉及到相关的法律方面问题时才出面进行协调和解决。一般情况下，公司法人是不参与公司的相关政策的制定和生产经营的，而是由公司的董事或者运营主管在进行处理，如果涉及到违法的情况则可以根据负责制的原则进行处罚。
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