国务院办公厅印发的《关于建立和完善事业单位法人治理结构的意见》中明确提出，事业单位可探索单独设立监事会，负责监督事业单位财务和理事、管理层人员履行职责的情况。具体有以下几个方面：
1、检查企业贯彻执行有关法律、行政法规和规章制度的情况;
2、检查企业财务，查阅企业的财务会计资料及与企业经营管理活动有关的 其他资料，验证企业财务会计报告的真实性、合法性;
3、检查企业的经营效益、利润分配、国有资产保值增值、资产运营等情况;
4、检查企业负责人的经营行为，并对其经营管理业绩进行评价，提出奖惩 、任免建议。
在监督机构的设置上，公司与事业单位的不同主要基于以下几方面的原因：
1、经济利益关系不同。
公司的董事普遍与公司存在直接的经济利益，而且大股东的经济利益最大，客观上有通过董事会决议侵犯小股东利益谋取自身利益的可能。事业单位的多数理事由外部人员担任，他们与事业单位没有直接的经济利益关系;内部人员担任的理事虽然存在直接的经济利益关系，但在理事会成员中只占少数，直接受到外部理事的制约。这样，客观上通过理事会决议侵犯他方利益的可能性较小。
2、决策权力结构不同。
股权结构是公司法人治理结构的重要基础，公司董事会的组成主要依据股权份额的多少。在公司董事会中，决策权力结构不平衡，往往存在大股东“一家独大”、实际掌握董事会决策权的情形，不利于保护其他股东的合法权益。有必要设置专门的监事会，形成对公司董事会的有效制衡。事业单位理事会实行票决制，包括理事长在内，每人一票，决策权力结构相对平衡，不同方面的理事之间可以互相监督。
3、外部监督程度不同。
公司董事会的决策不少涉及商业秘密，不宜对外公布，难以有效借助外部的监督力量和手段;同时公司运行状况主要与公司股东利益有关，社会方面对其进行监督的积极性也不高。事业单位理事会的决策涉及公共利益，各方面均十分关注，事业单位的决策和运行情况必须按照有关要求及时对外公布，接受政府监管和社会监督。这在很大程度上强化了对事业单位理事会和管理层的监督。
总体来说，一般事业单位不设立监事会，除非特殊情况。而专门设立的事业单位监事会，其职责主要是负责监督事业单位财务、理事、管理层人员履行职责的情况。事业单位的监事会与公司监事会的不同主要体现在经济利益关系、决策权力结构、外部监督程度三个方面。
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