一、分公司盖合同专用章的合同有效吗?
有效的，一般而言，分公司在总公司授权范围内所进行的经营合同，基本上都是有效的。因此，在与分公司签订相关合同时，作为合同相对方，一定要审查分公司的总公司对其出具的授权委托书，明白总公司是否授权其对外签订合同，以及授权的额度。
《民法通则》第六十六条规定：“没有代理权、超越代理权或者代理权终止后的行为，只有经过被代理人的追认，被代理人才承担民事责任。”
《合同法》第四十八条也规定：“行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后以被代理人名义订立的合同，未经被代理人追认，对被代理人不发生效力，由于为人承担责任。相对人可以催告被代理人在一个月内予以追认。被代理人未作表示的，视为拒绝追认。合同被追认之前，善意相对人有撤销的权利。撤销应当以通知的方式作出。”
由此可见，在分公司没有总公司的授权或超出总公司的授权的情况下，分公司对外所签订的合同是效力待定的合同，而不是无效合同。如果总公司追认的，则为有效;否则为无效。
如果合同相对方有充分的理由相信分公司有代理权的，则合同为有效，此时适用《合同法》表见代理制度。《合同法》第四十九条规定：“行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后以被代理人名义订立合同，相对人有理由相信行为人有代理权的，该代理行为有效。
二、分公司和总公司之间的区别有哪些?
1、分公司不是独立的法人，总公司是独立的法人。分公司是法人的派出机构，不能独立地享受权利和承担义务。
2、分公司经营所得属于总公司，而不属于分公司自有。
3、分公司对外所欠债务和法律责任也归属于总公司，不能自行独立承担责任，所发生的债权债务风险应当由总公司承担。
4、分公司可以在总公司的授权范围内以自已的名义开展业务活动，或代表公司进行诉讼。这是分公司和总公司内部职能部门的区别。
分公司只是属于总公司的分支机构所以其生产经营都必须要由总公司进行确定，总公司可以参与其的运营以及决策等，但是子公司就不同，子公司是一个独立的法人机构，母公司不参与子公司的一切事务，在子公司中只是作为一个投资者的角色。
