股东是公司的所有人，股东大会就是公司的最高权力机构，虽然股东会很少参与公司日常的经营管理活动，但对于涉及到公司生死存亡、危及股东根本利益的事项，包括决定公司前途命运的重大决策事项，股东会可以介入做出最后的决定，那么，如果股东协议与公司法冲突怎么处理呢?
任何公民个人、法人或其他组织都不得对抗法律规定，这是最基本的一项常识，所谓股东协议冲突的对象，最多就是与符合公司法规定的公司章程发生冲突，那么，股东协议与公司章程哪个效力更大。
股东协议是公司成立的基本前提，它明确了股东各方的权利义务，是合作各方合意的原始依据。没有合作协议，公司就成了无源之水、无本之木，就如同没有地基的楼房，随时都有可能因合作各方责任不清及利益分配上的问题而坍塌。因此，协商确定完备合理的合作协议是设立公司过程中的关键。这关键的一步走好了，可以避免以后种种不必要的纠纷。
毕竟现实情况是复杂多变无法预计的。特别是在公司章程制定改变了股东协议的内容，在以后引起纠纷中，就会各持一词。
公司章程是公司自治性质的根本规则，可以说是公司法人的“根本大法”，规定了公司一切重大问题的处理原则和解决方式。但合作协议亦是对各方均有约束力的重要规范，且是设立公司的前提。在协议与章程冲突的情况下，究竟应优先适用谁呢?
自然是章程优先。从合同的相对性来看，合作协议调整的范围相对较小，只在合作各方之间发生效力，它无法对抗第三人。而公司章程则是调整内外部所有关系的准则。是公示于社会公众的，从诚实信用的原则和信赖利益的原则考虑，也应当优先适用公司章程解决股东之间的纠纷。 而且，公司也可以看作是股东之间的另一个协议。根据后合同优于先合同的原则，也应当优先适用公司章程。
从另一个角度说，股东协议可以事先约定公司章程中的某些重大问题的安排，避免和公司章程发生矛盾，以达到控制公司章程中重要事项的目的。如公司董事的提名和更换。
有人认为，对于协议与章程发生矛盾时优先适用谁不能一概而论。在不牵涉到外部关系的情况下，仅是调整合作者之间的利益关系时，仍应优先适用合作协议的规定。这种观点有误。公司章程也是解决和安排股东之间利益的协议。否则股东们就不会在在公司章程的履行上产生纠纷了。为了避免公司章程和股东协议之间的冲突和纠纷。应当在股东协议或公司章程中约定，一旦股东协议和公司章程发生矛盾的，以公司章程的内容和条款为准的排除性约定，以排除“在不牵涉到外部关系的情况下，仅是调整合作者之间的利益关系时，仍应优先适用合作协议的规定”的观点引起的麻烦和歧义。
综上所述，关于股东协议与公司法冲突如何处理的问题，实际上应为股东协议与符合公司法规定的公司章程的冲突问题，公司章程是协调公司内外部各种事务的基本准则，是在工商部门进行了登记备案，公诸于众的法律性文件，而股东协议则是约束股东之间权利义务的内部文件，因此，应以公司章程效力为先。
延伸阅读：
股东变更后怎么公示？具体步骤是什么？
公司股东变更流程有那些？需要什么资料？
股东退股后如何清算
