政府采购合同分公司签署的合同有效，《政府采购法》第二十一条明确，供应商是指向采购人提供货物、工程或者服务的法人、其他组织或者自然人。根据我国《民事诉讼法》及相关司法解释，分公司属于法定的其他组织。
一般而言，分公司登记的申请人是总公司。总公司依据《公司登记管理条例》第四十七条的规定向公司登记机关提交相关文件，其中包括经营范围。可以将总公司的登记行为视为对分公司的授权行为，登记的经营范围就是总公司对分公司经营活动的授权范围。不过，这种授权是一种泛授权，不同于针对单项事务的专门授权。经过登记机关核准后，这种授权也具有了法律效力。
二、签订合同需要注意哪些问题
(一)要认真审查签约对象的主体资格和资信能力，以便在供货及付款条件上采取相应的对策，防范欺诈、减少交易风险。
(二)争取合同的起草权、并以书面形式对谈判中所取得的承诺进行约定。
(三)合同名称与合同内容应一致。例如本是加工承揽合同，如果使用购销合同文本，则将为合同的履行和法律条款的适用增添了争议。
(四)合同条款在起草与审查时应注意：
1.规格条款上要注意对各型号产品的具体规格做出说明，避免供需之间出现差异。
2.明确约定质量标准以及质量异议提出的期限。
3.明确交付方式，如送往本地，当明确约定送货地点;如送往外地，则尽量不要写明。此外，还应列明收货方经办人姓名，如果对方更换新的经办人，应当要求对方提供授权委托书。
4.明确付款时间及其支付方式。不仅要追求销售额，更要讲求经营效益。如果货款收不回，那么销售得越多，亏损越得越严重。
5.明确规定双方应承担的义务以及违约责任，否则会削弱合同的约束力。
6.各条款均应用词准确、表达清楚、约定明确，并避免条款重复、或者前后矛盾，产生歧义。重要条款要仔细斟酌，尤其是要防止模棱两可的词句或多义词。比方在实践中不少人将定金写成了“订金”，而“订金”在法律上被认定为预付款，不能起到定金的担保功能。
7.争议解决方式和诉讼管辖地要明确、具体。如果采用仲裁，则一定要明确约定某一客观存在的仲裁机构，否则将导致条款该无效。
8.签订时应加盖单位公章，如果是对方经办人则应提供加盖单位公章的签约授权委托书。
9.签订以后应根据合同管理制度，对合同及时进行归档保管，以免丢失。同时可将合同复印件交由履行部门存查，保证依约履行。
政府的采购合同签署之前一般会公开进行招标，分公司不得参与此类活动，但是总公司招标之后可以委托分公司签署合同，诸如与政府机构建立的采购合同，由于分公司并没有独立的资产，故此会需要总公司来承担相应的法律责任。
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