公司合并之后，被合并公司的员工，因薪酬、岗位、福利等因素会发生变化，员工可以自由选择去留，如果选择离开，员工可以向公司申请一定的补偿。公司合并后，被合并公司的员工，因薪酬、岗位、福利等因素变化，员工有权自由选择去留。若员工选择离开，公司需要对员工进行相应补偿。
对员工实行补偿通常有以下几种方式：
1、现金支付形式
现金支付形式就是要求企业以现金支付给员工作为解除长期劳动合同的经济补偿金，对于现金流充裕的企业来讲，这种方式是可以接受的，而且是一次性解决，没有为改制后的企业留下什么后遗症，但是这种方式将极大的侵占企业的资金流，降低了企业抵御风险的能力，使得企业很容易陷入危机之中。
2、股权支付形式
股权支付形式就是直接将企业的净资产以经济补偿金的方式落实到每个员工上，企业改制后，形成员工对于改制后企业占有的股权。虽然这种方式在相关文件政策上是允许的，但是在操作中却有两个明显障碍，首先是由于《公司法》对于公司股东人数的限制，使得员工持股的人数受到限制，同时由于员工持股会等持股载体的组建已经很难再得到有关部门的审批，那么员工以何种身份、方式持股是首先需要解决的问题;其次员工集体持股方式在大多数地方已经行不通，地方政府更多的希望由原来企业的经营层绝对控股改制后企业，不支持所有员工共同持股。因此，从以上两点看，以股权形式支付员工经济补偿金也不是一种很好的办法。
3、债权支付形式
如果改制企业的支付能力比较差，为了缓解支付改制成本给企业生产经营带来的压力，可以将员工的经济补偿金转为改制企业的负债，同时减少相应的企业净资产。企业改制后，员工持有改制后企业的债权，并根据相应的规定和条件获得清偿。改制企业以债权形式支付员工经济补偿金，一定要获得上级主管部门和政府的批准，以避免改制后违反《会计法》和《税法》的风险。
二、合同法和公司法的规定
《合同法》第九十条当事人订立合同后合并的，由合并后的法人或者其他组织行使合同权利，履行合同义务。当事人订立合同后分立的，除债权人和债务人另有约定的以外，由分立的法人或者其他组织对合同的权利和义务享有连带债权，承担连带债务。
《公司法》第一百七十五条公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。
按照《劳动合同法》第三十三条“用人单位变更名称、法定代表人、主要负责人或者投资人等事项，不影响劳动合同的履行。”
第三十四条“用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行”的规定，只要新公司继续履行劳动合同，是没有经济补偿的。
只有在新公司要求重新签订劳动合同，并重新计算工龄时，才可以要求终止劳动合同，支付相应的经济补偿。
因此，在被合并后的企业应该给予员工基本的补偿或者其他解决办法，不得随意破环劳动者的基本权益。劳动者的合法权益维护也需要劳动者自身的有效维护，受到相关不公待遇时，请及时使用相应的法律途径进行维护，或者请求劳动仲裁，执法机关进行处理。
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