一、股权变更生效时间怎么确定?
根据新《公司法》第三十三条第二款、第三款的规定，记载于股东名册的股东，可以依股东名册主张行使股东权利。公司应当将股东的姓名或者名称及其出资时间向公司登记机关登记;登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。
股东转让出资后，可能出现股东名册与公司记载之间不一致的情况，对此公司应当及时办理变更登记，保持股东名册与公司登记之间的一致性。如果没有经过登记，或者没有及时办理变更登记，则不得对抗第三人，即第三人通过受让出资等方式成为公司股东并记载于股东名册后，如果没有在公司登记机关办理相关登记的，不能主张该第三人的股东资格无效。
二、股权变更协议应该怎么写?
转让方： (甲方)
住所：
受让方： (乙方)
住所：
本合同由甲方与乙方就 有限公司的股东转让出资事宜，于 年 月 日在xx市订立。
甲乙双方本着平等互利的原则，经友好协商，达成如下协议：
第一条 股权转让价格与付款方式
1、甲方同意将持有 有限公司 %的股份共 元出资额，以 万元转让给乙方，乙方同意按此价格及金额购买上述股份。
2、乙方同意在本合同订立十五日内以现金形式一次性支付甲方所转让的股份。
第二条 保证
1、甲方保证所转让给乙方的股份是甲方在 有限公司的真实出资，是甲方合法拥有的股权，甲方拥有完全的处分权。甲方保证对所转让的股份，没有设置任何抵押、质押或担保，并免遭任何第三人的追索。否则，由此引起的所有责任，由甲方承担。
2、乙方承认 有限公司章程，保证按章程规定履行义务和责任。
第三条 盈亏分担
本公司经工商行政管理机关同意并办理股东变更登记后，乙方即成为 有限公司的股东，按出资比例及章程规定分享公司利润与分担亏损。
第四条 费用负担
本公司规定的股份转让有关费用，包括：全部费用，由(双方)承担。
第五条 合同的变更与解除
发生下列情况之一时，可变更或解除合同，但双方必须就此签订书面变更或解除合同。
1、 由于不可抗力或由于一方当事人虽无过失但无法防止的外
因，致使本合同无法履行。
2、一方当事人丧失实际履约能力。
3、由于一方或二方违约，严重影响了守约方的经济利益，使合同履行成为不必要。
4、因情况发生变化，经过双方协商同意变更或解除合同。
第六条 争议的解决
1、与本合同有效性、履行、违约及解除等有关争议，各方应友好协商解决。
2、如果协商不成，则任何一方均可申请仲裁或向人民法院起诉。
第七条 合同生效的条件和日期
本合同经甲乙双方签字后生效。
第八条 本合同正本一式4份，甲、乙双方各执壹份，报工商行政管理机关一份， 有限公司存一份，均具有同等法律效力。
甲方(签名)：
乙方(签名)：
时间：年月日
综上所述，股权转让协议是需要到工商局进行变更登记的，在此之前应该先变更公司章程和公司股东名册，没有到工商局办理股权变更的，公司内部签订的股权变更协议是不能对抗第三人的，股东名册跟在工商局登记的名册必须是一致的。
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