专利权侵权的赔偿方法主要分为以下四种，分别是：
第一，以权利人因侵权行为所受的实际损失作为赔偿额，这是最常见的一种计算方法。但由于专利权自身具有的特点，很难评估侵权行为实际造成的损失，这种计算方法存在两方面问题：一是权利人的产品销量若没有减少，则不能适用此方法;二是权利人的产品销售下降，可能是由多个因素引起，难以定量衡量侵权行为在其中所起的作用，从而无法确定侵权行为实际造成权利人多大的损失。赔偿数额包括权利人为制止侵权行为所支出的合理费用，合理费用的支出和侵权行为有因果关系，实际上也是权利人的损失，按照全面赔偿原则，赔偿数额包括合理费用是应有之义，并不具有惩罚性。
第二，以侵权人因侵权行为所获的全部利润作为赔偿额，权利人若采用此种计算方法，有可能面临难以举证的问题。对于专利权损害赔偿诉讼，法律对举证责任采取“谁主张谁举证”。由于权利人难以或无从获得侵权产品的销售数量、利润等数据，侵权人亦不会主动披露对自己不利的证据，即使法院责令其提供，侵权人若不提供，目前也不会额外承担不利后果;即使通过法院证据保全，也难以证明侵权人所获的利润都源于侵权行为。因此，以侵权人所获全部利润作为赔偿数额，实际上难以操作。
第三，许可使用费的合理倍数，这是专利权特有的计算方法，《专利法》第65条规定，权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该专利许可使用费的倍数合理确定。 按照相关司法解释，许可使用费的合理倍数限制在1至3倍。在采用该方法时，酌定的因素有：专利权的类别、侵权人侵权的性质和情节、专利许可使用费的数额、该专利许可的性质、范围、时间等。
第四，法定赔偿，是指在权利人损失和侵权人获利均不能确定的情况下，依据侵权情节在一定幅度内酌情确定损害赔偿额的方法。《专利法》第65条规定了，权利人的损失、侵权人获得的利益和专利许可使用费均难以确定的，人民法院可以根据专利权的类型、侵权行为的性质和情节等因素，确定给予一万元以上一百万元以下的赔偿。这就是法定赔偿制度的体现。法院适用法定赔偿时需要考虑侵权行为的各种具体因素，侵害专利权时，要考虑专利权的类别、侵权的性质和情节等因素。
专利权遭到侵犯可以用法律救济手段，随着法制的完善与大家保护知识产权意识的加强，为知识付费的观念会逐渐深入人心，专利权的保护也会加强与完善，以维护专利权人的合法权益。需要注意的是，法定赔偿方法赋予法官一定范围内的自由裁量权，使其可以依靠自身审判经验，公正、快速做出裁判。在各种计算方法中，法定赔偿方法具有补充性特点，而不具有优先性或选择性。但是，由于受限于“谁主张谁举证”原则，权利人往往难以查证和计算损害后果，导致法定赔偿方法成为法院确定知识产权损害赔偿数额的主要方法。
